KPI和目标管理虽然都是把目标加以数量化，但两者本质上最大的差异就是，KPI是比较策略性的，所以通常都是属于公司的重大目标；而MBO则不一定，但通常多数情况下、会偏向例行性的工作。
为达成今年度的营运目标，A公司上自总裁、总经理、各部门主管，到最基层的工作人员，早在年初之前就花了三个月以上的时间，即订出多数员工的KPI（Key Performance Indicators，关键指标），并于每季追踪检讨。B公司为提升部门效率，创造产值，则是由每位员工设定了每月要达成的目标，以落实目标管理（Management by Objectives；MBO）。
乍看之下，两家公司谈的似乎是同一件事，就是把目标加以数量化。但是，KPI和MBO的在执行精神上，其实可以做出部分的区隔。KPI具备高度的策略性，一定是公司的重大目标；但MBO则不一定，就数量上而言，大多数会比较偏向于经常性或例行性的工作。
例如，总机订定每天接听电话时的效率及服务质量目标，通常如果没有达到，对公司营业可能不会有重大影响；然而，如果公司希望每年应该开发的新产品数量、时程表、质量与功能目标，若此的未能达成，就会严重影响公司的产品力、客户订单数量、市场占有率，甚至于公司股价，进而对公司的营运策略能否成功产生重大影响。
根据上述，前者应属于目标管理，后者则为KPI。当然就重要性来说，KPI比较重要，因为通常KPI做得好，对公司在长短期获利、营运各方面就会有正面与积极的效果；反之，部分的MBO即使做得不好，对公司营运也不会有全面性的重大影响。
如何订出KPI与MBO？
所以有些企业在订目标时，可分成两个层次：KPI与MBO；KPI是依公司的使命、愿景、策略、关键成功因素等逐级展开；MBO则由各单位主管与部属针对部门运作或个人职责范围内所要负责的工作项目订定绩效目标。
举例来说，某企业在其KPI与MBO的区分上，副总、处长、协理级及其以上主管，因为要对公司的策略规画与执行承担成败责任，在其绩效内容上便没有所谓的MBO，而且是由KPI占其绩效项目的100%；副总、处长、协理级以下的经副理级，因为除了策略执行外还要监督所属部门的例行营运性工作，所以是KPI与MBO各占绩效内容的50%；而课、组长级，由于是以肩负例行性工作为主，所以MBO会占绩效指标的70%～80%，而KPI可能只占20%～30%。
至于基层员工则因其负责范围与策略性指针工作项目关系的强弱或深浅程度不同而有所差异，例如某研发工程师就会有KPI的绩效项目，并占30%～40%的高成分比重，但总机或数据装订传递人员等基层员工，则不会有KPI，例行性的MBO将占100%。
一个同时实施目标管理与平衡计分卡（BSC-Balanced Score Card）的组织，员工从上到下加起来或许会有上千个MBO，但最重要的KPI项目可能只有3～7个。一般来说，MBO多数是由员工根据自己的权责范围订定之，当然有时在订定过程中会参考主管的指示，但多数是由员工先行设定、再交由主管审核修正。