审计科在院长领导下，依照法律、法规和规章制度对医院及下属单位的财务收支、经济效益进行内部审计监督，独立行使内部审计职权，对院长负责并报告工作。其具体职责是：
一、对全院的财务收支计划或预算的执行和决算，与财务收支有关的经济活动及效益，各类资产的管理情况，物资的购买，国家财经法规的执行等情况进行内部审计监督。
二、审签会计报表、纳税申报表、贷款申请书及其它重要经济活动事项的文件。
三、参加医院财务工作方面的会议，对重要问题的决策提出建议。参与重大经济合同(协议)的签订，并监督实施。
四、对医院预算内、外资金的使用，重要仪器设备的购置管理、使用效益及损坏报废情况进行审查监督。
五、对严重违犯财经法规的单位和有关人员进行专项审计调查，在核准事实的基础上，依照有关规定提出处理意见，对正在发生的严重违反财经法纪，严重损失浪费行为，作出制临时的止决定。对阻挠破坏审计工作及拒绝提供有关资料的，报经院领导批准采取必要的临时措施。
六、对院内各部门、各科室财经物资活动内控制制度建设及执行情况进行检查监督，提出改进管理、加强内部控制、提高效益的建议。在经济管理宏观控制方面当好院领导的参谋助手。
七、及时向上级审计机关报告内审方面的重大问题。
八、完成领导交办的其它任务。