随着非公有制经济的不断发展、国有企业的转型和劳动用工制度的改革，市场经济利益机制的消极作用呈现出来，使得矛盾逐步凸显，而劳动关系矛盾恰恰是影响社会和谐的一个重要。本文总裁学习网总结了国有企业劳动关系现存的五大问题：
(1)用工形式多元化问题。
尽管我国相继出台了1995年的《中华人民共和国劳动法》，明确了企业用工制度，2008年的《中华人民共和国劳动合同法》，强化了企业用工的基本形式为劳动合同制。但是，由于历史的原因，在国有企业中普遍存在着多元化的用工形式，不同身份的职工不能同等地享有权利。许多企业都同时存在所谓全民职工、集体职工、派遣工、临时工、下岗工、内退工、停薪留职工等等。所有这些不同形式录用或不同身份的职工，在企业中享有权利是存在诸多不同的。这些差别所形成的歧视都是激发劳动关系矛盾隐忧与导火索。同时，这种用工制度或形式的差异是违反相应的法律规定，因此，对社会的稳定发展产生了不利影响。
(2)行政化的管理模式仍然存在。
我业改革经历了30多年，国有企业经营者已取代了政府在劳动关系中的主体位置，不再受制于政府，而是独立地、自主地参与到经济交往活动中来，同时，国家也明确取消了企业经营者的行政级别，企业依法成为市场经济的主体。但是，有些国有企业基本上还保持着领导职务的行政级别划分和企业内部行政化的管理模式。主要表现在薪酬管理制度方面，有些国有企业仍是行政(官职)级别决定收入，有职称技术人员的收入远不及同级官职的收入。这种导向，致使职工纷纷追逐“官职”而无心于科研生产，企业就大有可能停滞不前甚至走向消亡。
(3)政府的间接干预使国企经营者无所适从。
在国有企业内部出现了双方目标与需求的整合，改革开放使国有企业原有的一体化利益结构趋于分化，而政府一系列的政治修复措施将这种分化的结构重新整合，如重申“党管干部”的原则，并对国有企业经营者建立考核、任命和评价制度。在这种制度下，经营者不得不将政府设定的社会目标加入到企业管理目标中，只有这样才能让自己的“职位稳定”，兼顾双重目标，让经营者精力分散，不能更好的服务于企业。同时，政府的干预也严重制约着企业的自由发展，这与市场经济是格格不入的，欧美国家至今仍以此为借口，拒绝承认我国市场经济地位，以致于我国在两反一保案件中总败诉出局，这不得不让人深思。
(4)申诉渠道不畅通。
法律法规对企业内部发生的劳动争议已明确了解决办法，多数国有企业也依法设有劳动争议调解委员会(未设置此机构的是由工会代为履行相应职责)，但劳动争议调解委员会的人员组成(企业方面的代表和职工代表组成，工会方面的代表担任调解委员会主任)令职工疑虑重重，主要原因调解委员会中的职工代表、工会干部往往不是职工真正选举产生的，而是企业领导“授意”产生的，致使处于弱势群体的职工对劳动争议调解委员难以给予信任。
(5)少数国有企业仍未能理顺劳动关系。
因历史遗留问题，现仍有极少数国有企业，对停薪留职人员、挂靠人员、“二不找”人员、“长期病休”人员、“内退”人员及“放长期”人员及本单位原有的全民所有制的正式职工没有及时完善劳动合同，理顺劳动关系，使国有企业与劳动者解除劳动关系困难重重。