出于市场竞争的直接压力，管理者更多关注业务层面的问题，投入到内部管理工作特别是人力资源管理的精力很少。部分的中小企业管理者在主观上也存在认识的误区：即把人力作为企业的成本，等同于一般的生产要素，没有意识到人力是一种能够产生发展动能的资源，不会开发或不愿开发。在人力资源管理方面投入意识淡漠，对企业人力资源管理的专业角色未放到恰当的位置加以重视。
二、员工招聘难
中小企业的用人需求紧迫，突发性和临时性需求多，而且企业规模小，品牌影响力不够，吸引到合适人才的难度较大。同时，企业内部培养少，对外部招聘的依赖性强，这些因素对人才招聘的效率产生较大的负面影响。以人员使用为主的中小企业，还没有发展到人力资源开发阶段，内部缺乏培养体系，这就导致对外招聘量大，并且压力重。
三、员工流动性强
关键人才的流失，常常成为许多中小企业生存和发展的瓶颈。虽然企业人员有合理的流动是正常的现象，也是必要的，但当前中小企业员工流动存在不合理性。一是中小民营企业流动率过高，成了“人才中转站”。二是流动人员中较大比例是管理人员和专业技术人员，这些人具有技术专长和管理经验，是企业的中坚力量。因此员工高比例流动，不仅带走了商业、技术秘密，带走了客户，使企业蒙受直接经济损失，而且又增加了企业人力重置成本，影响了工作的连续性、工作质量和在职员工的稳定性。虽然中小企业员工的流动有着主客观原因，但问题的关键仍是企业人力资源管理理念和方法缺位，如用人机制和激励机制不规范，工作环境不融洽等。
四、工作积极性低
工作积极性低，是许多中小企业员工中普遍存在的现象。为了能够吸引激励和保留有能力的员工，公平的薪酬机制是必不可少的。随着企业的发展和人才结构的复杂化，单一的薪酬体系已不能满足核心员工的多样化需求，原有的薪酬体系必须做出调整，但许多中小企业却找不到合适的激励手段。没有科学的考核评估机制，在分配时更多是凭主管的个人判断，导致分配不合理。自我中心式、非理性化家族管理，忽略了员工本身的作用和需要，很多人只是将眼前的工作视为谋生的手段，士气得不到提高。
五、组织机构和管理制度不完善
目前，大多数中小企业没有设置专门的人力资源管理机构，其职能大都由总经理办公室或行政部或综合部兼任。虽然有很多企业根据市场发展的需要将原来的“人事部”改为“人力资源部”，但还得兼任许多与人力资源管理关系不大的其他一些管理职能。有一些企业也尝试着制定各种各样的人力资源管理制度，并努力加以贯彻执行。但从其内容来分析，大都是从员工考勤、奖励制度、工资分配、工作规则等方面对员工加以限制，而不是从如何充分调动员工的创造性和积极性出发来规范企业员工的行为，以求得员工发展和组织目标的实现。尽管员工心存不满，但由于劳动力买方市场的现实，大部分员工只得接受各种条件限制。因此，在某种意义上，目前一些企业的人力资源管理制度的执行具有一定的强制性和片面性。
六、人力资源管理的基础性工作被弱化
中小企业对人力资源管理的一些基础性工作，如人事档案与社会保险、工作分析与定岗定编等的关注度相对偏低。目前，许多中小企业管理者和员工还没有完全形成依据劳动合同确立劳动关系的意识，对劳动合同的约束力认识不够充分，因此，劳动合同管理还不到位。人力资源管理体系建立的基础是岗位管理体系，其他人力资源管理工作诸如招聘、薪酬管理、绩效管理都需要建立在岗位管理健全的基础上。而中小企业由于人员较少，岗位的区分不是非常明晰，这样就产生了中小企业建立岗位管理体系与无法清晰界定岗位之间的矛盾。国家发改委中小企业司和中国企业联合会研究部对我国中小企业管理现状进行了一次全国性调查，调查结果显示，中小企业有岗位责任制并做到的企业比例仅占27.02%。中小企业除了在安全方面的工作标准和制度比较健全外，其他基础管理工作还相当薄弱，需进一步加强。在《劳动合同法》等国家劳动法规对企业行为的规范越来越明确的背景下，如果不能对人力资源管理的基础性工作高度重视，其潜在风险会越来越高。