总部和子公司的利益目标是不会自然一致的。而要使子公司做出的行为符合总部的整体利益与规划，总部不仅仅要推行切实有效的激励制度，还要通过有效的绩效管控系统来对子公司的行为过程进行必要的监督约束和企业培训。需要极其注意的是，激励与约束往往都是一体的两面，激励不够充足的约束会打击子到公司的进取心，而约束不够充足的激励将会损害到总部利益。
一、开展团队分级考核
总部与子公司签订业绩合同并根据其业绩结果行使整体的奖惩;子公司高管层的个人业绩评估，由两部分加权构成，一部分是子公司的业绩，通常占70%以上的权重，另一部分是个人胜任力的考量。对于子公司部门的考核，由子公司经营层按制度自行组织，并将考核结果报总部人力资源部备案;子公司各部门内部的员工考核，由部门按制度组织进行，并将考核结果报子公司人力资源部。
二、集团总部定期述职
仅有业绩合同和奖惩制度，总部并不能保证子公司的到期业绩会满足期望。子公司高层定期到总部述职，是解决方法之一。述职者面对总部的高层和相关部门经理阐述自己的业绩状况和下一步的计划，并接受各方面的质询。述职的一个重要结果是大家对情况变化达成的共识并据此进行计划的调整，这种调整的幅度通常不超过10-15%，以维护集团计划系统的严肃性。
三、订立业绩合同
业绩合同中关键的部分是指标的选取和对应于指标的目标值的确定。总部根据集团的战略目标，选取子公司的关键业绩指标(KPI)，并设定KPI的目标值，然后与子公司经营层沟通直到一致。在业绩指标方面，不能单纯是财务指标，还要通过其他指标来表示总部关注子公司的长期持续发展。一般来讲，总部并不确定子公司的业绩潜力究竟怎样，只能每年不断地提高业绩标准，期望尽可能地发掘子公司的潜力;相反，子公司经营者为了给自己留有持续改善和免责的余地，倾向于找出各种理由要求总部降低业绩标准。双方都明白彼此的需求，因此这是一个博弈过程。在实践中，总部的谈判力量通常取决于自身对子公司的了解程度。总部可以派出熟悉相关业务和管理、富有经验的人士去子公司实地调查。当总部表明或暗示自己对业务数据的掌握程度时，子公司经营层通常会在接下来的业绩合同谈判中体现企业真实潜力。
四、多级人力资源的激励
激励本身是个系统，包含物质激励和精神激励两大部分，或者说是“经济性报酬”和“非经济性报酬”。在总部制定对子公司经营层的激励政策时，需要考虑到子公司的发展目标必须满足集团的整体需要和规划，而子公司经营层的行为必须有利于这些目标的实现。子公司经营层倾向于降低集团对自己的业绩标准，并为未完成的业绩寻找客观理由。子公司经营层承担来自集团的业绩压力，需要相当独立地处理不断变化的内外环境的挑战，因此需要相应的调配资源的权力以便作出及时的应变。子公司经营层出于两种考虑，期望增大自己独立决策的权力。子公司需要满足更大的工作成就感和权力欲望，子公司经营层自然倾向于加强自己在总部的地位，因此会找出各种理由向集团申请更多的资源支持，并争取更大的权力。
在集团中地位重要的子公司的经营层有不同程度“挑战”总部管控的倾向，具体表现是：在重大决策上或者先斩后奏、或者渲染公司可能损失的利益向集团施压、或者采取消极对抗的方式让总部满足其对资源支持和权力的更大要求。
总部在对集权和分权的适度掌握上就显得尤为重要。过于集权会打击子公司的创新能力、应变能力甚至业绩潜力，更容易让人有“功高震主”的联想;而过于放权会纵容子公司的随意行为，从而在不少方面损害集团整体目标的实现。
适度的分权虽然不是有效激励的全部，但无疑占有最为重要的地位。总部在考虑对子公司的分权时通常需要权衡以下因素：子公司在集团战略规划和业务发展中的综合地位、子公司历来的业绩表现、子公司现有经营团队的综合能力以及与总部文化与政策的契合度、集团其他的特殊需要。
除了必要的分权外，子公司经营层的薪酬水平也是至关重要的激励要素，对自身职业发展前景的判断也会持久地影响内心的满意度。另外，与总部高层的人际关系以及自身的胜任力好坏也会对个人的职业心理有相当的影响。在实践中，培养长期心理的股权激励是广泛的做法，并且发展出多样的操作手法。原则上，总部要求子公司经营层(有时还包括其他对子公司有重大价值的核心人员)持有自己所辖公司的股权，但要根据子公司及其经营层的具体情况制定不同细节的股权激励制度。