首先，很多企业实际上对通过绩效考核要解决什么，绩效考核工作要达到什么目的缺乏清醒认识。现代管理理论认为，考核是对管理过程的一种控制，其核心的管理目标是通过评估员工的绩效以及团队、组织的绩效，并通过对结果的反馈、分析绩效差距来实现员工绩效的提升，进而改善企业管理水平和业绩。同时，考核的结果还可以用于确定员工的培训、晋升、奖惩和薪酬。很多企业都仅仅将考核定位于确定利益分配的依据和工具，这确实会对员工带来一定的激励，但势必使得考核存在变成“双刃剑”的风险，好的绩效评估制度可以激活整个组织，提升绩效，否则会加大员工心理压力，有悖初衷。
第二，考核的标准和内容不尽科学合理。考核标准应该根据员工的工作职能而不是职位设定。如考核标准不能从责任人承担的工作职责特点出发，没有个性和针对性，不论对谁均采取统一考核标准，必然有失偏颇和公平，从而导致评价结果失真，不能令责任人信服。考核的内容不够完整，尤其是不能涵盖全部的工作内容，或以偏概全，如关键绩效指标有缺失等，将无法正确评价员工的真实工作绩效。许多企业的考核内容大多千篇一律，不同类型部门考核内容差别不大，针对性不强，这在很大程度影响了考核结果的客观性、真实性和准确性。
第三，绩效管理制度不够健全。有很多企业对绩效考核采取暗箱操作，整个考核的设计、实施和评估完全由人事部门一手包办，缺乏员工的充分参与，考核结果与责任人不能及时进行有效沟通，导致责任人不能理解考评结果而产生不满情绪；还有的是把考核流于形式，对考核成果不予应用，挫伤业务骨干人员的工作积极性；还有的绩效考核不能连续化、制度化，责任人不能从思想上、行动上真正重视绩效考评工作，使绩效考核的激励作用不能得以体现，考核成果不能充分发挥作用。