事业单位绩效工资改革将分三步走。第一步，从2009年1月1日起首先在义务教育学校实施；第二步，配合医药卫生体制改革，特别是实行基本药物制度，从2009年10月1日起在疾病预防控制、健康教育、妇幼保健、精神卫生、应急救治、采供血、卫生监督等专业公共卫生机构和乡镇卫生院、城市社区卫生服务机构等基层医疗卫生事业单位实施；第三步，从2010年1月1日起，在其他事业单位实施。我国事业单位情况比较复杂，涉及人数众多，因而，事业单位绩效工资分三步走比较合理，分三步实施能够达到分类推进、平稳实施的目的。此次绩效工资改革不是一个单项的工资制度改革，而是2006年事业单位工资制度改革的延续和深化。2006年的事业单位工资改革提出了事业单位实行岗位绩效工资制度。岗位绩效工资由岗位工资、薪级工资、绩效工资和津贴补贴四部分组成，其中岗位工资、薪级工资为基本工资。绩效工资是事业单位工资收入可变工资部分，体现工作业绩和实际贡献。在基本工资外设置绩效工资，有利于进一步加大事业单位搞活内部分配的力度，增强工资的激励功能。国家对绩效工资进行总量调控，事业单位在国家核定的绩效工资总量自主分配，绩效工资与个人表现、业绩挂钩，合理拉开差距，调动大家的积极性。由于事业单位情况比较复杂，涉及人数众多，因而，2006年工资制度改革后，事业单位岗位薪级工资已经基本入轨，但绩效工资并没有真正推进，因而，今年国务院常务会明确提出要分三步开始推行事业单位绩效工资。通过实施绩效工资，同时规范事业单位收入，清理整顿事业单位自行发放的津贴补贴， 缩小不合理收入差距。很多专家总结为此实施绩效工资是"开前门、关后门"."开前门"指的是实施绩效工资，而"关后门"就是要全面清理规范事业单位的津贴补贴发放。因而事业单位实施绩效工资并不是涨工资，而是工资制度改革的进一步深化。
当前义务教育教师、基层公共医疗服务人员待遇偏低是明显事实，首先对他们实施绩效工资改革有利于提高他们的收入待遇，也有利于改善基层公共服务水平。
事业单位和企业有很大不同，事业单位是具有公益性质，为社会提供公共服务组织，事业单位绩效工资和企业绩效工资最主要不同点在于经费来源和保障。企业绩效工资完全决定企业盈利情况，根据企业的薪酬战略及绩效考核结果进行发放。而事业单位则不同，事业单位根据单位不同类别，其绩效工资的经费来源和保障有所不同，义务教育中小学绩效工资经费来源主要由县级财政保障，省级财政统筹，中央财政对中西部及东部部分财力薄弱地区给予适当补助。其他事业单位实施绩效工资所需经费，按单位类型不同，分别由财政和事业单位负担。但事业单位的创收收入如何规定是今后需要解决的问题。公益型事业单位如果把主要精力用在创收或提供公共服务也高价收费，这就偏离了公益性事业单位的性质，这些需要通过制度进行规范和安排。