一、不能正确认识与理解绩效管理
在企业高层中，往往存在两种认识，一是理想主义——认为通过绩效管理，所有人员的工作热情和积极性就可以调动起来;二是片面的想法——认为绩效管理只是HR部门的事情。
实际上，企业能否打造一支高效率的员工队伍不是单靠绩效管理一个手段也并非单靠人力资源一个部门可以实现的，这需要公司有一个完整的营销体系和配套资源来保证。如果企业老板没有这方面的认知与准备，而作为公司绩效管理的职能部门——HR部门又不能与老板进行有效沟通与说服，尽力取得老板的支持，让老板正确理解绩效管理的内涵，绩效管理难见成效是必然的。
二、公司目标、部门目标与个人目标不能良好结合
由于绩效管理是以企业战略为导向的管理体系，因此在企业的经营与管理过程中，企业目标能否有效分解为部门目标，部门目标能否有效分解为个人目标，同时企业目标及分解后的部门目标与个人目标是否协调一致，直接关系到绩效管理实施的执行力度与效果。譬如：某企业的战略目标是要争做农药行业的第一品牌，公司从生产工艺与设备、办公环境、规划与管理体系应该说都是向行业一流的标准靠近的，但员工的薪资水平却始终停留在国内二三流企业的水平，甚至连一些小企业的员工待遇都不到，试问这样的企业实行绩效管理如何有效?
三、职能缺位
由于管理者没有意识到绩效管理是一个系统的管理工作，部分民营企业内人力资源经理地位尴尬、主要职能仍旧停留在操作层面，许多人力资源经理只做招聘、人事档案与薪资管理，人力资源管理职能的不完善是一个主要问题。
另外，HR部门很少参与到业务部门绩效考核，考核缺乏公正且容易流于形式，加上部分HR对绩效管理还缺乏系统的认识，对绩效管理的整个流程缺乏全面了解，由于自身岗位技能缺乏，导致绩效管理无法得到有效的实施。
四、考核指标不合理
考核指标难以量化，要么没有标准，要么标准过多，难以执行。一些企业甚至专门聘请咨询公司做绩效管理手册，成效不一，有一些咨询公司设计出来的考核指标存在过于繁琐、以及不科学、不合理、不严谨等问题，企业在实际运用过程中发生越考核越乱、越考核矛盾越突出的现象。
一般来讲，考核指标不合理主要表现在四个方面：一是指标过高，员工觉得完成的几率很低，干脆放弃;二是指标过低，很容易就可以实现，起不到激励的作用;三是指标有冲突，使得工作很难开展，如在农药行业销售旺季同时考核销量与资金周转率等;四是指标一刀切导致考核缺乏公正性，我们可以从两个方面来看这个问题——
不同区域考核指针一刀切：全国一盘棋，这种方式表面上看是对大家一视同仁，其实是最不科学的。中国市场地域辽阔，南北东西经济、文化、消费习惯等都有很大的差异，采用统一的考核指针必然导致区域之间的不公平，影响销售人员的积极性。
同一区域的不同市场考核指标一刀切：同样道理，在企业里，人力资源部门与销售管理部门进行的是第一层面的考核，而覆盖面更广，影响更大的往往是对第二层面、第三层面的考核，即企业基层员工的考核;这就需要作为公司第一层面的区域市场对所属员工进行富有成效的考核，而同样沿袭公司全国一盘棋的考核方式在区域内实施必然导致考核无力。
不管是不同区域还是同一区域的不同市场，实际上都存在市场基础不一样、销售模式不同等诸多差异，企业销售部门与人力资源部门对其软硬指针都不能采用一刀切的考核模式。
五、重结果，轻过程
大部分民营企业尤其是处于创业阶段的民企往往对销售人员采用结果导向的考核方式，很多民企老板在例行的营销会议上都会说这句话：“我不管你是怎么做的，我要的是最终结果!”因此，一些企业在特定阶段对销售财务指标进行统计，再与初期制订的目标进行对比，依据最终结果对销售人员盖棺定论。