用人单位无考勤制度
在企业用工实践中，用人单位对劳动者进行管理约束最基本的手段，就是要求员工按时上下班，这也是企业对员工实施有效管理的重要前提。因此，大多数用人单位都有相对系统的考勤管理制度，以便对员工出勤状况实行有效的监督和管理。
但另一方面，用人单位不实施考勤的现象也不少见：有些是因为公司规模较小、刚成立等原因，导致企业考勤管理处于空白期;也有些规模较大、管理比较规范的企业，对司机、外勤销售人员、24小时轮值班人员等部分特殊岗位缺乏认识，以为这类岗位无法考勤或者没有必要，而不实施考勤管理，这些都直接或间接地为用工风险埋下隐患。
在劳动争议案件中，涉及出勤时间的争议非常多见，如加班费争议、旷工争议、拖欠劳动报酬等争议，都直接或间接地与出勤时间的确认有关。如果企业未实施考勤，将无法提供有效的考勤记录，而考勤制度是企业的一项基础管理工作，用人单位对其员工在本单位的出勤情况应负有举证责任。若无法提供考勤记录，则仲裁机构或法院将可能采信员工的主张。届时是否加班、加班时间长短、是否旷工等均由不得用人单位做主，显然，这是任何用人单位都不愿意看到的局面。
多重考勤方式并存
当前科技迅猛发展，考勤方式也日新月异，从纸片打卡机考勤到射频IC卡打卡考勤，从指纹打卡考勤到人脸识别考勤，不一而足。虽然企业大都执行单一的考勤方式，但多重考勤方式并存的企业也不占少数。个别用人单位为了减少电子考勤的差错(如漏打卡、设备损害、设备误差等)，还另外增加了手工考勤方式，而这两种考勤方式在记录结果上很可能存在较大差异。
在许多加班工资争议案件中，用人单位主张将手工考勤作为认定工作时间的依据，而劳动者则主张以电子考勤为准。管理上的不严谨导致考勤记录的不明确性，用人单位应当承担主要责任。很多用人单位对出勤时间的认定标准并无制度规定或合同约定，这也导致在实际的争议处理中，仲裁员或法官会从有利于劳动者角度考虑。
考勤规定不明确
企业的考勤制度往往涉及工时制度、工作时间安排、加班的申请程序等，如果这些内容不够明确或与劳动合同存在冲突，同样会为劳动争议埋下隐患。
问题之一，是企业考勤规定没有规定工作时间的统计及确认方法，由于工作时间直接涉及薪资结算，往往直接影响到劳动者权益，故用人单位应当加以明确。如门禁记录是否作为统计工作时间的依据、员工的考勤记录是否须经相关部门核对校准。如果规定明确的话，将大大减少争议发生的可能性。
问题之二，是企业考勤规定往往忽视对休息时间的安排。有些单位规定每天工作9小时，并未规定中间有1小时休息时间。但员工可能以为存在1小时加班时间而申请仲裁，尽管员工并不一定胜诉，但仲裁本身也消耗了企业的管理成本。特别是对制造业企业而言，对于“工间休息时间”更应有明确的规定。
问题之三，是企业考勤规定忽视对加班的认定标准。加班是否须经审批?员工超时工作究竟是个人行为，还是公司行为?这方面问题往往是劳动争议中非常常见的争论焦点。用人单位明确加班须经审批的程序，可以避免员工因个人原因超时工作而索要加班费的情况。
缺勤记录未注明事由
在企业日常考勤管理当中，员工因病假、事假等缺勤是常有的事，但若对缺勤缺乏明确的标准，那么员工是否属于旷工、是否属于休假、休了什么假等，都将成为疑问。
《职工带薪年休假条例》规定，职工连续工作1年以上，用人单位应当安排职工休假。如未休假，则用人单位应当支付未休年假的三倍工资。在年假争议的案件类型中，由于用人单位在休假安排上居主导地位，故对是否已休假、休了多少天假，均应由用人单位举证。若缺乏相应的缺勤记录，用人单位将处于极为不利的境地。已休过假的员工也可能主张未休年假的三倍工资，如没有其他证据，则用人单位极有可能败诉。而涉及加班调休的争议中，有些用人单位的考勤记录只记载了调休的日期，而未注明是哪一时间段的加班调休，在具体争议中，用人单位或称2010年的加班已在2010年安排调休，而劳动者则主张2010年的调休日期是针对2009年的加班。对这些问题若用人单位不能给予合理解释，都有可能要承担不利后果。
所以，缺勤记录应明确事由，必须做到对出勤状态的精确掌控。
考勤记录无签名核对
考勤记录是劳动争议当中的典型证据形式，而该类证据的真实性、关联性也是各方争论的焦点。其中最典型的争议是，没有员工签字确认的考勤记录是否具有证明效力。
考勤记录关乎员工的工资休假等权益，对其真实性的判断至关重要。而用人单位提供的考勤记录是否属于原始证据、是否形成于当时、是否具有更改可能性、是否经员工签字确认等，都是判断考勤记录真实与否的重要标准。
通常，人工考勤记录往往有部门主管签字，这些证据也往往形成于当时，事后补救可以通过特殊手段(司法鉴定等)加以验证，若无员工签字必然导致该证据无效。而电子考勤记录则不然，其具有物质依赖性和易更改性，企业出示的往往都是电子考勤记录的打印件。而未经员工签字确认的打印件，从证据形式上看，其属于非原始证据，而该打印件是否与原始保存的考勤记录完全一致是值得怀疑的。
因此，在司法实践中，用人单位需要提供其他证据加以佐证电子考勤记录打印件的真实性，如制作考勤记录导出过程的视频，以证明该证据的形成过程是真实的，如提供工资发放情况与考勤记录核对。若不能提供其他证据加以佐证，或者其他证据存在自相矛盾之处，则用人单位将面临诉讼风险。从控制风险角度来看，电子考勤记录定期交由员工签字，是确保考勤记录真实、合法、有效的重要手段。
考勤记录疏于保管
在劳动争议案件中，与考勤记录相关的旷工争议、加班费争议往往存在仲裁时效限制。但时效限制的背后，却要求用人单位务必要保管相关的管理文件，考勤记录便是其中之一。
举例来说，员工主张离职前5年的加班费，那么对争议发生前2年的考勤记录，用人单位负有举证义务。若劳动者能举证证明用人单位掌握管理考勤记录，则用人单位应当提供该劳动者2年内的考勤记录，不能提供的将承担不利后果。有些用人单位以为离职员工已经不是公司的人了，所以对其过往的资料疏于保管，或销毁或遗弃，一旦涉诉，则往往面临举证不足的问题。那么，考勤记录应该保存多久呢?
对于主动离职、合同期满终止、与单位协商解除合同的离职员工，笔者建议最低保管期限为1年(自员工离职之日起计算)，因该类员工发生劳动争议的概率较小。而对于单位单方辞退、被动离职的职工，笔者建议保管期限为2年。以上均需要保存该员工在职期间的所有考勤资料。
考勤规定与实际处理不一致
企业员工关系管理应当做到“有法必依、执法必严”，否则所有的制度规定都将形同虚设，更不利于建立管理威信，更重要的是，还会制造各种诉讼风险，而企业的考勤管理规定与实际执行情况便是其中之一。
如，大多数企业对旷工行为都做出了相应的惩处规定，或扣减工资或给予书面警告等，有些单位一方面认定员工旷工，另一方面却正常发放工资，这就导致企业对该缺勤记录判断和实际处理发生偏差。如果员工主张休假且领导口头同意，则势必“旷工”难以认定。
又如，有些公司规定，员工请假需书面申请并经人力资源部批准，超过10天假期应当经总经理书面批准。但这些规定在实际操作中却变成“请假口头化，审批口头化”，有些部门主管甚至代行人力资源部职权，直接批准员工请假。久而久之，请假手续和相关统计极为混乱，甚至造成薪资计算的差错，为劳动争议埋下伏笔。
以上，足以说明用人单位在员工管理上必须做到“言行一致”、“权责统一”，否则，既不利于管理，也不利于风险控制。
未及时申报、续延特殊工时制