绩效考核之所以能成为有效的行政管理手段，根源不在于“考核”而在于制度化的“问责”。因此为影响被评单位行为向评估主体期望的方向修正，必须充分发挥绩效考核“问责”的威力，靠“问责”的制度化来实现体系持续发展的长效机制。制度化的问责机制主要包括四个方面特点：
1、是协同联动的问责机制。问责制应该建立起以参与绩效评估各方为核心的协同联动工作机制，通过例会制度确保各方之间的信息沟通和工作联动。
2、监督检查的问责机制。问责制应该建立起以参与绩效评估各方联席监督检查工作机制。各方在各个过程中加强监督检查并在检查的工作内容、周期、范围、内容上作出明确规定。
3、奖惩并用的问责机制。问责制应该建立起完善独特的问责奖惩机制。通过参考业务的重要程度、业务影响性、紧急程度上区分奖惩措施。
4、全面绩效的问责机制。问责制应该建立在全面的绩效考核体系基础之上。根据考核结果及时执行问责。