1.绩效计划与企业战略脱节
人力资源战略服务于企业战略，作为人力资源管理体系中的一部分，绩效管理就应该以企业战略为准绳，而很多企业只是空喊口号，一边高举企业战略旗帜，一边闭门造绩效计划，导致绩效计划与企业战略各行其道。最典型的案例是企业高管每年初与各个部门签订责任书，到年底的时候，每个部门的绩效目标完成情况都很好，但是整个企业的战略目标却没有达到。这就说明，企业的战略目标并没有通过绩效计划层层落实到员工身上。究其原因，还是绩效目标的分解存在问题。对于传达下来的绩效计划，部门在制定绩效标准的时候，有意无意地回避了其中或难以办到或看起来不重要但实质上对企业具有重要意义的绩效目标，从而各部门及各岗位的绩效标准实际上还是从自己的工作内容出发，并不是企业战略目标的逐层分解得到的。
2.绩效管理指标缺乏侧重点
有的企业为了最大限度地发挥绩效考核的作用，恨不得把所有的必要的不必要的工作都纳入绩效考核的范围，从而导致员工的焦虑情绪，进而产生抵触情绪。员工轻则没有精力或不愿意去思考如何改进工作，一味地思考如何少犯错误，保全自己的工资和奖金，重则产生反生产行为。我们不能指望绩效管理就能解决所有的问题，事实上也不可能解决所有的问题，这点就如同法律一样，它是我们必须要遵守的最基本的行为准则，法律也有约束不到的部分，就由道德来约束。同样的道理，绩效管理应关注于那些关键业绩指标，应当将绩效管理与员工的业绩以及企业的战略目标联系起来，而不是面面俱到。对于实现企业的战略目标没有大碍的员工行为，可以依靠员工手册或倡导组织公民行为来约束。
3.绩效管理模块与人力资源系统其他模块脱节
人力资源系统包括很多模块，与绩效管理模块联系最为紧密的是任职资格、薪酬管理和培训等。绩效管理是建立在任职资格体系的基础之上，绩效管理涉及到员工的职业生涯规划，其结果应用于薪酬管理和培训、晋升等，而它们反过来又影响着绩效管理的成败。因此，有效的绩效管理应该能够与其他模块协同发展，与其他模块有同样重要的作用，而不仅仅是作为一种技术在使用。如果其他模块不尽完善，或者没有与绩效管理有机结合，那么绩效管理就不能引起员工的重视，发挥相应的作用。
4.缺乏业务部门主管的重视
目前，依旧有很多业务部门的管理者认为绩效管理只是人力资源部门的事，不应该成为本部门的工作。一旦进行绩效考核时，他们便会认为这是在浪费时间和精力，或者干脆以自己对下属的印象来打分，而忽视了员工在每个考核周期的具体表现。对此，各业务部门主管应该认识到，一是人力资源部门不可能看到所有员工的表现，也不可能完全了解各个部门具体的考核指标，人力资源部门只是一个服务部门，他们工作的开展离不开各个业务部门的支持;二是作为部门主管，负有一项重要任务，就是培养下属。因此，企业在制定绩效考核指标体系的时候，就应该要求各部门主管共同参与，另外在部门主管的绩效考核指标中，也应该加入员工成长这一指标。