为了适应业务转型或开拓新市场，企业往往会以年为周期进行整体战略业务的梳理、优化和调整。梳理和优化绩效考核流程在年末进行最合适，此时更易发现和弥补上年度出现的问题。绩效考核流程上有以下三个关键点是需要注意的，即：考核体系设计前的沟通、及时准确收集绩效数据、合理处理绩效考核差异。
第一，考核前沟通
在一套绩效考核体系设计之前需要与各部门沟通确认，这个过程必不可少，但是如果每年绩效计划制定做得过于繁琐，结果要么是绩效考核体系本身变动过大，要么就是人为地延伸了制定的时间。
实际上，各部门之间的工作是环环相扣的，考核部门为了确保本部门的工作顺利开展，必然对被考核部门提出相关要求，以考核指标的形式上升到考核层面：在对考核体系设计时进行讨论可以充分听取各部门意见，一旦确定下来，进行下年度绩效计划时就不必采用集中讨论的方式，否则各部门还会为了各自的利益而争论不休。
最简单的做法是，人力资源部提前准备好历史数据，即每项指标的历史完成情况，在部门考核时，提供历史数据便于决策层参考;而个人考核则是选择被考核者与考核者进行一对一面谈，确认后进行提交。提交的方案经过人力资源部初步调整后提交决策层确定后就可以公布执行了。
第二，收集绩效数据
收集绩效数据不仅仅是人力资源部门的工作，还关系到各个部门的切身利益，也是公司整体计划能否完成的重要保证。如果人力资源部在部门间的沟通不及时、不到位，没有将数据收集的流程全景图及重要节点的时间和任务告知各部门，各部门就很难配合。
因此，人力资源部为确保收集数据的及时和准确性，须做到：1.提高部门经理及员工对绩效数据收集及绩效管理系统运行的重视度，增强大局意识;2.明确公司收集绩效数据的整体流程及流程中各部门职责;3.明确流程的相应负责人。
第三，考核差异化处理
企业在实施绩效考核时，员工绩效结果是在部门内部形成的结果。由于部门间的工作性质不同，很难在部门间进行横向对比，而员工绩效考核的结果直接与薪酬奖金挂钩，绩效考核结果的公平性就显得很重要，因此需要找到调整员工绩效考核结果差异较大的处理方式。
本部门业绩优秀时，可适当提高部门内员工的考核得分：当部门业绩较差时，可适当压低部门内员工的考核得分。这样就可以使员工绩效与部门绩效基本保持一致。比如，当部门绩效考核结果为优秀时，该部门的员工绩效中优秀的比例可以适当扩充;当部门绩效结果为不合格时，则该部门的员工绩效不合格的比例也适当增加。通过这样的挂钩来降低因部门间的差异而导致的员工绩效差异。