传统企业大学很难做到两个目标之间平衡问题，即企业目标和企业大学目标。企业目标中的企业发展战略体系、愿景、使命和宗旨很难与企业大学目标中的职能部门、知识生产、人才培养、办学模式、师资队伍、产品(与教育和培训有关的)研发策略很难深度耦合，主要原因在于组织结构设计科学性问题，组织结构设计需要考虑将企业目标和企业大学目标进行深度融合，在企业和企业大学中的人、事和物之间高度匹配，具有高度黏性，在政策、制度和资源分配上要保持一致。无法保持一致，二者势必相互影响，导致低效运营，很难实现企业战略体系目标产出。
人才输出企业发展战略体系产出目标：高绩效企业大学运营产出目标之一就是人才输出，企业大学以“教育”和“管理实践”为本，对企业发展不同阶段培养和输出符合企业发展阶段需要的高素质人才和员工队伍，解决企业在企业发展战略体系执行和企业发展战略体系转型与创新过程中缺乏高素质员工队伍的难题，把企业文化、员工能力和组织发展融入到企业大学愿景和使命中，提升企业大学知识更新、管理能力提升和参与企业发展战略体系能力提升计划中。
改善绩效企业发展战略体系产出目标：高绩效企业大学具有帮助企业改善绩效的功能，传统的人力资源管理的培训与开发职能活动具有相似的作用，但从服务企业整体绩效改善方面，企业培训部门已经无法满足这一需求，也无法为企业构建一个更高的平台从企业发展战略体系上改善组织绩效，企业急需构建高绩效企业大学这一平台实现组织绩效跨越的使命。
构建学习型组织企业发展战略体系产出目标：高绩效企业大学本身就是一个生产知识和智慧的部门组织形式，高绩效企业大学本身的象征和引领作用就是引导企业走向学习型组织。企业大学在帮助企业解读愿景、使命、团队管理以及组织心智模式方面，带领企业走向学习型组织，提升企业竞争力方面具有独到的价值。
知识生产企业发展战略体系产出目标：对高绩效企业大学评估的一个重要标准就是为企业创造无形价值，其中主要以知识生产作为主要标准，表现在为组织员工提供与企业发展战略体系有关的学习开发计划、管理技能提升计划、知识和经验分享计划等，需要通过企业大学进行课程和课业规划、教师讲师队伍构建、教材研发等活动促进上述知识生产过程的实现。
强化企业内外利益相关方关系企业发展战略体系产出目标：企业大学作为一个无形的“组织”和沟通的平台，在强化内部员工关系和外部利益相关方之间的关系都具有重要价值。通过员工到企业大学参加学习和培训，加强员工之间的知识、经验和技术分享，强化员工之间的沟通。企业大学通过与政府、社区之间的合作，加强与它们之间的关系，在企业、政府与市场之间起到润滑作用。
公关与传播企业发展战略体系产出目标：企业大学本身就具备品牌效应，企业大学在众多企业大学之间具有较强的市场竞争优势，这不仅能够获取更多的与企业竞争优势有关的资源，企业大学把这些资源整合于企业和企业大学之中，实现企业发展战略体系竞争力，给企业和企业大学声誉增加很多无形资产。同时，具有较高声誉的企业大学能够将企业、政府、社会和市场紧密联系在一起，企业大学通过自身的影响力可以正面传播企业形象，将企业文化、品牌和理念传递到企业利益相关方，达到沟通和提升企业声誉的作用。