企业绩效考核是员工激励的一种有效方式，员工会通过绩效考核来反省自己，管理者通过绩效考核可以看出员工的能力，但是绩效考核在实施的过程中往往遇到困惑和问题。
一、绩效考核关注个人绩效
从目前对绩效考核的实施来看，应该说更强调考核个人的绩效完成情况。但是，从绩效分类来看，绩效不仅有个人的绩效、还有组织绩效、团队绩效。如果只是强调个人的考核情况，会容易引起职工的焦虑，操作不当会严重影响职工的积极性。另外，过分关注个人绩效和奖励会淡化了职工的合作意识和团队精神，会出现职工与职工之间的恶性竞争，在这样的氛围下，将会“培育”出只顾自己出风头、抢业绩、争奖金的人，这十分不利于团队工作。
二、需不需要绩效考核
企业里的职工对需不需要绩效考核、绩效考核究竟要解决什么、要达到什么目的有不同的理解。有的认为绩效考核是衡量个人业绩的优秀工具，有的认为是企业职能部门没事找事干，有的认为是企业寻找职工的错处，为下一步淘汰员工做好铺垫，有的认为没有绩效考评照常生产，绩效考核是多余的。因此大多数职工对绩效考核比较抵触，不愿意企业开展绩效考核工作。从企业方面来讲，没有具体的数据表明实施绩效考核究竟能使生产率、作业率提高多少，企业面对绩效考核也有许多的疑惑。
三、注重考核，缺乏沟通
目前，在企业有的部门绩效考核中存在只注重考核，缺乏沟通的现象。应该看到，如果失去沟通，绩效考核就失去了它本来的意义。绩效沟通，不仅仅是指绩效考核完成之后的绩效反馈，而且指在绩效考核的整个过程中，管理人员能和职工共同探讨工作进展情况、完成工作潜在的障碍和问题，可能解决问题的措施等等。但遗憾的是，在实施绩效考核时，企业对评分、奖励给予了更多的关注，忽视了对职工的绩效沟通。职工不知道自己工作是否得到了承认，不知道自己工作是否有值得改进的地方。
四、把绩效考核当成填表游戏
应该说，绩效考核被定位于了解、掌握职工的工作情况，从中奖励、选拔优秀职工的一个工具，这是它的使命，也是企业高层管理者的初衷。但是在绩效考核实际运用过程中却遇见了颇为尴尬的情况。职工对考评有抵触情绪，害怕自己的成绩不好，直接牵涉到收入、面子、前途，所以职工之间在绩效互评上往往给自己的同事打高分，同时在事前也暗示对方要“以礼相待”;职工对自己的主管进行绩效考评时，害怕得罪自己的顶头上司，将来遭到报复，往往不实事求是地打高分。而主管们也抱怨如给下属的分数低，基层员工会认为主管是故意刁难，是没事找麻烦。下属会心生怨恨，会不配合团队工作，会消极怠工。因此，主管会有平均倾向，无论下属的实际表现如何，统统给中间或平均水平的评价。综上，职工之间，主管与职工之间采取这样的方式进行绩效考核，就必然会使绩效考评流于形式，最终使绩效考核成为了一个季度或一年的填表游戏。