绩效指标设计的目的是通过绩效指标、目标值以及与目标实现相关的奖惩激励来促使员工表现出与企业期望相一致的工作行为，从而推动企业整体目标的实现。不过在员工绩效指标设计的过程中，有一些难点，如果不加解决，则可能导致企业绩效管理的失效。
其中第一个难点就在于设计绩效指标是为了更好推动工作的有效开展，根据企业战略目标要求和业务、管理的实际水平，“灵活选择、使用指标”才是目的，但是企业常常会把“提高指标的完成率"当成目的，而忽略设置该绩效指标的初衷，在管理活动或者业务活动有所变化的情况下，不考虑当前的绩效指标设置是否合适，而是基本保持指标不变，满足于有指标即可，过于僵化。
因此，要避免这种情况，企业管理者需要经常考虑以下问题：企业的关键价值活动是什么?应该设置什么样的绩效目标来衡量这些价值活动?当前指标的选择是否合适?是否有更合适的绩效指标?并将考虑的结果落实到绩效指标设计中去。
第二个难点就是关键指标和关注指标混为一谈，“指标过多、过滥”是另外一种常见的现象，一般在进行绩效指标设计时，企业会根据公司目标、部门职能、员工职责来设计相对完整的绩效指标体系，然后按照一定的原则来选择具体的绩效指标进行跟踪。管理者应把衡量企业关键价值活动的“关键指标”作为工作重点，而把其他指标作为“关注指标”，对于“关注指标”，在其出现较大偏差时进行及时处理即可，切忌胡子眉毛一把抓，将资源和力量像撒胡椒面一样分散使用，从而导致劳而无功。
第三个难点在于指标间缺乏一定的关联性，只有通过“关键指标”的层层分解，将企业的关键价值活动落实为员工的具体工作活动，才有可能实现企业的预期目标。因此管理者在设定绩效指标时，应告诉员工各绩效指标设置的出发点和目的，使得员工能够理解其绩效指标对企业的价值，从而增强员工实现绩效目标的动力。
第四个难点就是过于强调量化。设置绩效指标的目的是为了推进企业关键价值活动的开展，量化或非量化是绩效指标表现形式。对任何一项业务活动，既可以从活动结果的角度进行衡量，也可以从活动过程的角度进行衡量，具体选择哪种衡量方式，依赖于该项工作活动的特性。如果该项工作的独立性较强且结果容易量化，则量化指标是一种很好的选择。
然而，如果只是为了便于考核而选择了一个不太贴切的量化指标，则可能得不偿失，失去了绩效指标设置对员工行为的引导作用，绩效指标既界定了员工努力的方向，也界定了员工需要努力的程度，是企业绩效管理的核心，也是企业管理者统一员工行动的重要工具。为了设置出合适的绩效指标，管理者要经常自问各种行为、行动的目的。
笔者认为只有不断地进行思考，才有可能不断地清晰化企业的关键价值活动，设计出合适的绩效指标，从而为员工工作的开展指明方向，进而实现企业的不断发展。