绩效考核的实施不是单一的，要和企业的组织架构、工作分析和薪酬管理相结合，最终形成绩效考核管理方案，但是，中小企业管理建设中往往盲目发展绩效建设，在还没有基础的前提下发展绩效，实战中只会让企业更加伤痕累累，其中就有几大重要问题困恼的中小企业人力资源管理部门。
脱离中小企业现实条件
现如今，很多国外先进的企业管理思想和方法被越来越多的企业管理者所采用，在部分企业成功的同时，相对多的企业盲目追求这类最新的实施方法，但是要知道中小企业，本身的发展战略是很容易变动的，因此一般都处在未清晰状态，如果贪大求全或者盲目追求，只会拔苗助长，很难推行到底。
绩效考核与其他步骤脱节
很多企业甚至很多高层认为，绩效考核就是绩效管理，其实这是大错特错，他们只将业绩考核指标进行量化，关心的也只是个人业绩的考核指标合理性和评估的共平性，很大程度上忽视了除绩效考核之外的，其他绩效管理内容，如绩效计划、绩效辅导、绩效监督、绩效沟通、绩效改进，以及考核结果的应用，这些无法进行衔接，只会导致绩效考核流于形式，效果不佳。
现在很多企业流行绩效管理方法大多采用平衡计分卡，但是并不是所有的企业都适用，实行一套什么样的管理制度要根据企业的管理水平所处的阶段，就象种养什么样的花需要什么样的土壤一样道理，仙人掌可以在沙漠里生长而玫瑰却不行。