设计员工个人平衡计分卡第一个关键步骤就是寻找员工个人的KPI考核指标。在实际操作中，对于部门内部员工来说，他们个人的考核指标无非来自于两个方面：第一是源自于部门指标体系的进一步分解;第二来自于其岗位职责的补充。
员工个人的KPI考核指标的第一个源头，应该是可以容易理解的，它和部门考核指标体系确定的原理大致相同：部门绩效目标的获得依赖于部门经理带领部门全体员工共同的努力，也就是说部门的绩效成绩是员工个人绩效成绩的有机结合，所以部门的目标与指标最终是需要部门全体员工来共同承担的;而员工个人KPI考核指标的第二个源头—进行岗位职责的分析并推导补充的指标，是因为在平衡计分卡指标实际的分解活动中，随着管理层级下移(特别是基层职位的员工)，员工对战略目标的驱动力的减弱与间接化，运用平衡计分卡难以收集到非常全面的反映该职位主要工作产出的指标体系。这一现象是由不同管理层级及不同管理职能职位的职责特点决定的。
从平衡计分卡层级的维度来看，公司的平衡计分卡的目标与指标主要是对公司整体绩效的衡量，因此它肯定是那些对公司战略有最直接的驱动力，对生产经营结果负有最直接责任的目标与指标。因此，公司平衡计分卡的目标与指标，很容易就可以直接从公司战略目标分解，获得一些能反映公司战略主题的最终结果导向的目标与指标。
而作为部门层面的平衡计分卡指标，除了很大一部分是来源于战略目标的最直接分解及关键流程驱动因素的分析外，还有一部分则是来源于部门需求分析与部门职能最直接的推导。这和部门层级上的特点有很大的关系：部门是公司的一个单元，它对一定范围内而非公司全部的经营结果负责。在很大程度上，他们通过履行自己的使命与职能来驱动公司平衡计分卡上部分目标与指标的实现。但是为了防止在实际操作中指标分解的疏漏，除了部分指标来自于公司指标体系外，还要根据部门在流程中产生的职能界定出部分过程性、辅助性的KPI指标进行对比与补充。