医院在设计薪酬体系时，首先通过对医院战略的分析来制定薪酬策略，综合考虑医院因素（战略目标、绩效、文化）、员工自身因素（包括个人资历、工作经验、个人潜力等）、岗位因素以及同行业人员市场价格等多种因素，运用所有各种可能的薪酬元素——固定薪酬、可变薪酬、间接薪酬、弹性福利与非经济薪酬等来使医院的薪酬对内具有公平性，对外具有竞争性，发挥薪酬对于医院发展战略的支持功效。要设计一个战略导向的全面的薪酬系统，一般要经历几个关键步骤。
几个关键步骤详细说明如下：
（一）从战略角度来确定医院薪酬策略
医院必须从战略的角度（包括医院核心价值观及医院发展目标等）进行分析，对薪酬进行定位，制定出薪酬政策并对薪酬模式、薪酬结构、薪酬水平及薪酬形式做出选择。
医院制订的薪酬政策主要涉及到医院薪酬成本与预算控制方式及医院的薪酬制度、薪酬规定和员工的薪酬水平是否保密的问题。
医院可选择的薪酬模式有以职位或岗位为中心、以能力为中心及以技能为中心三种模式；薪酬结构策略有高弹性、高稳定及调和型模式；薪酬水平策略包括市场领先策略、市场跟随策略、成本导向策略或混合薪酬策略；薪酬形式策略是指员工所得的总薪酬的组成部分。具体实施中究竟选择哪种策略模式，医院应具体情况具体分析。
（二）职位分析与职位评价
职位分析主要是进行工作的重新设计，消除不必要的职位，制定岗位规范，形成组织结构图与岗位说明书。
职位评价（职位评估）重在解决薪酬的对内公平性问题。它有两个目的，一是比较医院内部各个职位的相对重要性，得出职位等级序列；二是为进行薪酬调查建立统一的职位评估标准，消除不同医院间由于职位名称不同、或即使职位名称相同但实际工作要求和工作内容不同所导致的职位难度差异，使不同职位之间具有可比性，为确保岗位工资的公平性奠定基础。它是职位分析的自然结果，同时又以岗位说明书为依据。评价岗位的相对价值大多采用点值因素法，即依据评价要素确定其点数，然后加以汇总，再根据总点数确定岗位等级。
（三）确定薪酬结构与水平
薪酬结构是指医院内各项工作的劳动价值或重要性与其所对应的应付工资之间的关系。薪酬结构设计就是把医院各项工作劳动价值或重要性的顺序、等级、分数或象征性的货币值转换成实际的工资值，使医院内所有工作的薪酬都按同一的贡献律原则定薪，从而保证了医院薪酬体系的内在公平性。然后将众多类型的薪酬归并组合成若干个等级，形成一个薪酬等级系列，进而确定医院内每一个职务具体的薪酬范围。
薪酬水平是指医院中各职位、各部门以及整个医院的平均薪酬水平，它决定了医院薪酬的外部竞争性。在当前的经济形势及市场环境下，薪酬水平应更多的关注职位与职位之间或者不同医院中同类工作之间的薪酬平均水平，而不是整个医院平均水平的对比。
（四）市场薪酬调查
市场薪酬调查的目的是为了参照本地区、本行业的薪酬状况，制定和调整医院的薪酬水平与结构，使之具有市场竞争力，保证医院薪酬体系的外在公平性。薪资调查的主要内容：薪酬政策、薪酬水平、保险福利、薪酬增长率、组织结构与岗位设置等。
（五）可变薪酬设计
可变薪酬可分为短期激励计划和长期激励计划。短期激励计划有：利润分享计划、收益分享计划、风险分享计划等；长期激励计划主要有：员工持股计划、股票期权计划等。目前医院在员工持股计划、股票期权计划等长期激励方面，尚未有比较成形的操作方案及成功案例，在操作过程中可更多的参考国内知名企业的成功经验，同时考虑国家卫生系统及本地区有无相关的政策作指导，还要结合本地区、本医院的实际情况。
（六）福利品种设计
现行的福利产品多是国家法令强制施行的福利，基本上是法定福利。随着时代的发展，员工需求将愈多元化，不同员工会有不同的需求和爱好，人力资源部门就要加大弹性福利产品的开发，提供多样化的福利产品，提高员工的福利选择权，使福利的效用最大化，增强员工对医院的向心力。在实际工作中，福利的水平与福利的形态都产生激励作用，同时弹性福利非常强调“员工参与”的过程，希望从别人的角度来了解他人的需要。
（七）评估非货币性经济薪酬与非经济薪酬
非货币性经济薪酬与非经济薪酬都是属于非货币性的报酬，它们是员工从工作环境、工作氛围、工作中人际关系以及从工作本身所获得的心理收入。对医院员工，医院除给予较好的薪酬待遇外，还要强调和突出“人本管理”，从关心人，理解人，尊重人的角度，多考虑员工从工作中获得的心理收入。这样才能发挥薪酬的整体作用，从而获得员工对医院的忠诚。
1、医院通过工作丰富化、岗位轮换、工作扩大化等使工作更富吸引力与趣味性，如：安排医生多开设健康讲座；到基层、社区医院开专家门诊；住院医师与门诊医师的岗位轮班；外聘为医科大学、中医学院的兼职教授等。
2、医院为员工提供在职培训和学习的机会，如：选派有潜力的医生到大医院进修；建立先进的医院图书馆、电教室供员工使用；开设全科门诊，扩大专科医生的知识面。
3、医院在工作中适当授权，赋予员工较大的责任及参与决策的机会，如：通过建立科室责任制，自由组合医疗团队等方法来扩大医生的工作自主权；成立绩效考核委员会、药械采购委员会、医院决策委员会等赋予员工参与决策的机会。
（八）薪酬体系的整体评估与控制
在建立了薪酬体系之后，必须继续对其进行管理以确保其有效性。在薪酬制度的执行过程中，医院管理者要根据员工工作的行为和取得的实际效益，对薪酬制度进行评价，同时还要根据不断变化的客观环境及时的调整薪酬政策，使薪酬战略与医院的整体发展战略趋于一致。医院薪资制度一经建立，如何投入正常运作并对之实行适当的监督、评价、修正和控制等管理，使其发挥应有的功能，是一个相当复杂的问题，也是一项长期的工作。
医院的竞争归根到底是人才的竞争，一个医院需要有竞争力的薪酬来吸引人才与留住人才，否则员工就可能去其他医院寻找发展机会，而人才的获得远比医疗设备的购买、资金的投入更艰难。因此科学合理的全面薪酬体系是医院进行人力资源管理的一个非常重要的工具。