随着国有企业公司制度的改革和现代企业制度的建立，国有企业在薪酬管理方面也制定了一系列的改革措施，到目前为止第一轮的国企薪酬改革已经基本完成。但改革过程当中仍有一些问题没有完全解决，影响着国企的整体管理效能。归纳起来常见的国有企业薪酬管理问题主要以下有六个方面：
一、 薪酬管理理念滞后
合理的薪酬体系应当以企业战略为引导，实现市场化和现代化，适度前瞻并且符合企业发展阶段，实施动态调整。但目前半数国有企业缺乏薪酬管理和企业战略相结合的薪酬管理理念，导致薪酬管理缺乏战略性，薪酬制度缺乏动态性。
领先、跟随、滞后的薪酬战略应该与企业的不同阶段和不同类型紧密相连，很多企业并不知道在不同发展阶段需要运用不同的薪酬战略，薪酬方案必须紧跟战略方案，不能只依据现在的发展情况，还要着眼于未来，采用动态的薪酬制度。另外由于对薪酬理念的认识不足，大多数国有企业不知道应该对何种价值付酬。通常的做法是按照行政级别、学历和在企业的工作年限来进行价值分配，而对职位所承担的责任和风险、员工的技能水平、员工的能力等产生绩效的关键因素，没有引起应有的重视。
二、 薪酬总额难以突破
国有企业事业单位的工资总额受到硬性条件的约束，难以突破。目前国有企业工作总额调控的主要方法依然是功效挂钩，单纯以企业利润定制薪酬的简单工资决定模式没有系统考虑行业投入产出水平等综合因素，往往会造成国企年度工资总额的“总盘子”过低，无法实现与市场水平挂钩。
三、 薪酬水平相对偏低
目前，大多数国有企业采取的仍然是相对封闭的薪酬管理方法，按照自己的节奏调薪，按照自己的资源确定薪酬水平，导致企业的薪酬水平与社会平均水平失衡，有的企业远高于同行业薪酬水平却还在不断调高，而有的企业与同行业的差距已经很大却还在不紧不慢地“微调”，导致人员严重流失。
社会平均薪酬水平，代表了劳动力市场的供求平衡点，企业可以根据自己的实际确定薪酬策略，在平衡点附近移动;但过于巨大的偏离，或者说明了劳动力成本的浪费，或者说明了企业对劳动者价值的过分低估，而这样的情况在我们的国有企业却非常普遍，年年增长、只增不减的薪酬体系使得这一矛盾日益加剧。
四、 薪酬分配流于形式
一方面，很多国企现有的薪酬结构考虑了级别、年功、职称、学历、绩效等多种因素，看似很科学，但是薪酬的分配主要是以行政级别为主的，基本工资、福利都跟级别挂钩， 而绩效工资占薪酬的比例很低，几乎已沦为固定工资，完全不能起到绩效考核的目的。
另一方面，为体现国企内部团结，避免内部矛盾，大部分国企仍然采取较小的层级差距，这种差距体现在固定工资，也体现在绩效奖金的分配上。在薪酬的调整上也是采用“齐步走”的方式，这种“平均主义”薪酬分配方式显然不能体现出岗位价值的差别。目前这种现象在中层和基层之间尤为明显。
五、 薪酬结构设计失衡
大部分国企固有的薪酬、福利科目繁杂，有的企业薪酬、福利科目加起来有40多种，这种薪酬结构在市场化竞争中是极其不合理的。
首先是显性工资低，年终奖所占比重大，没有将隐形工资转化为现行工资，在市场招聘中劣势越来越明显，难以吸引优秀的人才;其次是固定工资比重过低，对于基本生活没有太多保障，而绩效工资又大多依靠领导的主观印象，不能体现多劳多得。国有企业中同工不同酬的现象也很严重，不同身份不同的工资体系，在同样的部门和岗位、承担同样的工作任务、做出同样的贡献，编外人员薪酬仍然低于编内人员。随着新《劳动合同法》的出台，如果不给所有员工公平发展的通道与统一的薪酬标准，这种不合理的局面无论从生产力的角度还是合法性的角度都将面临严峻的挑战。