1、忽视核心员工薪酬的战略价值。
中小企业对核心员工薪酬的战略价值普遍缺乏清醒认识。中小企业经营范围相对狭窄，业务内容相对简单，流程较短，少数核心岗位起着关键性作用。这些核心岗位对员工的从业技能和水平要求很高，企业生存的压力主要系于核心岗位员工，发展的动力也主要来源于核心员工。
中小企业的特点决定了企业内就业环境对人力资源的吸引力不高。对外部人力资源而言，中小企业经营风险高，职位稳定性差，职位发展空间有限，求职的吸引力不大。对内部人力资源而言，企业盈利能力起伏不定，薪酬定期支付的风险较高，导致核心员工离职率较高。核心人才的短缺使得中小企业业务流程的稳定性较差，削弱了产品和服务的市场竞争力，客户满意度下降，影响了企业运营的稳健性和持续性。因此，核心员工对中小企业的安全运营具有很高的战略价值，制定行之有效的核心员工薪酬策略具有十分突出的战略作用。
中小企业人力资源管理水平整体不高，薪酬管理环节与企业人力资源管理的其他职能存在脱节现象，限制了薪酬管理的效率。合理的薪酬制度需要人力资源管理的其他职能提供支撑，要求企业在业绩考核、职业规划、培训与开发和薪酬设计之间建立联动机制，要在工作分析的基础上，不断优化核心岗位的工作设计，增加工作的挑战性和趣味性，对核心员工适度授权，适时进行岗位评估，在货币性报酬上准确反映岗位价值。
合理的薪酬制度尤其需要企业构建有效的业绩评估机制。企业薪酬设计的基本原则之一是薪酬要充分反映员工的业绩。要体现这个原则，必须建设科学的业绩评估制度，将绩效考核结果与薪酬管理紧密挂钩。许多中小企业认识到核心员工薪酬管理的重要性，但是企业没有成熟的核心员工业绩考核制度，导致核心员工与核心员工间、核心员工与普通员工间薪酬差距不合理，核心员工的薪酬满意度较低。
3、对现代薪酬的内涵存在片面认识。
在许多中小企业，核心员工的薪酬成为企业的一项重要开支，但并没有有效地留住核心员工，其根本原因在于，企业管理者对员工薪酬存在片面认识，对核心员工的薪酬坚持金钱至上观，缺乏对现代薪酬内涵的全面认识。
现代薪酬基本理论秉持“全面薪酬”观，认为薪酬是组织针对员工服务的全部报偿。“全面薪酬”将支付给雇员的薪酬分为“外在”和“内在”两大类。“外在的薪酬”主要为员工提供可量化的货币性价值，包括基本工资、奖金等短期激励薪酬，股票期权、股份奖励等长期激励薪酬，退休金、医疗保险等货币性福利。“内在的薪酬”则是指员工获得的难以货币量化的愉悦的内在体验，包括对工作的满意、良好的人际关系和工作环境等。两者各自具有不同的激励功能，应当互为补充，构成完整的薪酬体系。
相比普通员工，核心员工更加追求内在的报酬。研究表明，核心员工注重的前四个报酬因素及比重依次为：个人成就(34%)、工作主动(31%)、业务成就(28%)、金钱财富(7%)。货币性报酬的重要性居于次要地位。在货币性报酬满足需要的基础上，良好的工作环境，充分的信任，自主开展工作，成为核心员工关注的焦点。
4、缺乏长期激励。
中小企业普遍缺乏对员工的长期激励机制，这也成为核心员工离职率高的一个重要原因。核心员工的人力资本价值很高，除了表现为即期价值实现能力强，还表现为价值实现的持久性。采用股权激励等长期激励机制在西方国家已得以广泛应用，但在我国的中小企业还没有得到有效实施。同时，采用诸如虚拟股票等手段的股权激励创新不足。