受以前计划经济的影响，我国中小企业的薪酬管理中存在许多的问题。
(一)政企不分，政府干预过多
以前的计划经济，政府就是企业的主人，企业的大小事务，政府都要予以干预，这就不可避免地产生效率低下，造成许多的浪费，无论是人力还是物力，特别是薪酬水平的制定，一个看上去可以用一个统一的货币标准定下来的因素，职工的工资水平以前一直有一个固定的模式，通过这么多年的改革开放，这种现象已有所改善，也直接或间接地推动了我国经济的发展，但这一计划经济的后遗症还未完全治愈。
(二)官本位，工资与职位高低挂钩
提起薪酬，人们很自然地联想起所熟悉的垂直薪酬等级阶梯。事实上，无论是在国外还是国内的许多企业中，传统的薪酬等级设计都是建立在严格的官僚等级基础之上的。如果一个人不幸一直处在一个级别不高的岗位上，那么他一生也不可能得到太高的工资收入，无论他干得多么出色。在我国一些企业中推崇的所谓“一岗一薪”，其实质也是完全根据岗位本身的价值来确定员工的薪酬待遇，而不考虑不同的员工在同样的岗位上所达到的实际绩效差异。
传统薪酬逼迫员工“向上爬”，在这种薪酬体系下，员工所受到的激励就是不遗余力地“往上爬”，而无论他最终爬上去的这个岗位是否真的适合他去做。同时，企业也一厢情愿地认为，在低一级职位上干得好的员工在高一级职位上必然也会干得很出色，于是，晋升就成了许多企业优秀员工的一种最主要的激励方式。
然而可悲的是，虽有许多员工在主观“努力”和企业客观“帮助”之下最终晋升，但同时也进入了一个对员工和企业都非常尴尬的“彼得高地”。管理学家劳伦斯?彼得在其1969年出版的《彼得原理》一书中，曾经发出这样的警告，在企业和各种组织中都普遍存在将员工晋升到一个他所不能胜任的职位的总体倾向。即一旦员工在低一级职位上干得很好，企业就将其提升到较高一级的职位上。结果，本来一个非常优秀的低级别员工，却不得不在一个自己所不能胜任的，但是级别较高的职位上忍受煎熬，一直耗到退休。
这种状况导致的结果有两个：一是员工不能胜任工作，找不到工作的乐趣，无法实现自身的价值，在较低绩效压力的情况下往往会表现失常，或者是心情郁闷，甚至有些人会由于被晋升而离开企业;二是员工被不恰当地晋升到一个他所不能胜任的职位上，对企业来说，一方面多了一个蹩脚的管理者，另一方面又失去了一个能够胜任较低一级职位的优秀员工。因此，企业和个人均是这种不恰当晋升的受害者。然而，遗憾的是，传统的薪酬制度和晋升哲学在企业中至今仍屡见不鲜。
(三)水平偏低，缺乏市场竞争力
我国的改革开放，引进了国外的先进技术，国外的资金，为我国的经济发展发挥了巨大的作用。对我国企业来说，这是个机会，同时也是挑战，面临着许多的问题，对人才的争夺就是一个十分重要的方面。外企从国企高薪挖人已不是新闻，这必然对我国企业的发展造成很大的不利，尤其是中国加入WTO以后。中国本土企业怎样与外资企业抢夺人才已是一个急待解决的问题。
(四)结构零散，管理混乱
一般来讲，只要企业支付给员工的总体工资水平不低于最低工资水平就可以了，完全没有必要单独设立一个最低工资。在很多企业，薪酬水平本来就不高，由于拉出这样一个平均主义色彩很浓的板块，员工在其他方面(比如岗位或技能)的差异，在薪酬水平中的体现就变得微乎其微。
事实上，当企业的薪酬构成被划分得越是支离破碎，员工的薪酬水平差异就越是不容易得到合理的体现，因为既然单独设立一个薪酬项目，那么大家必然要多多少少都拿一点。不仅如此，薪酬构成板块过多还会造成另外一个不利的后果，这就是，员工的薪酬水平高低到底取决于什么变得模糊了。员工既不清楚造成自己的工资与他人差异的主要是原因是什么，也不清楚自己怎样才能通过个人的努力来增加薪酬收入，更看不到企业的薪酬系统鼓励什么，与企业的战略之间是一个什么样的关系。
(五)考核不科学，激励作用发挥不大
所谓激励，就是组织通过设计适当的外部奖惩形式和工作环境，以一定的行为规范和惩罚性措施，借助沟通，来激发、引导、保持和规范组织成员的行为，以有效地实现组织及其成员个人目标的系统活动。通过不断调整，使其心态和行为向有利于公司的积极方向变化，根据年度绩效考核结果，决定是否通过晋级满足员工满足组织发展的需要。
在我国企业中，存在一些问题，使薪酬的激励作用发挥不大。
(1)主管方面的主观意见。
绩效的考核不可避免地会有一些主管的主观意见在里面，这就对员工绩效考核的科学性大打折扣。心胸狭小的主管会因一己之意见偏离客观的标准，造成绩效考核的不公;公私分明的主管也会因为其他的原因或多或少地影响绩效考核。
(2)员工方面的原因。