在建立了薪酬管理体系之后，必须继续对其进行管理以确保其有效性。内外环境施加在薪酬管理体系之上的压力需要进行监督、评价、修正和控制。这一步的结果是确认出薪酬管理体系的病症，从而使薪酬管理者能够保证这一系统无障碍地运行。
内部公平性、外部公平性和个体公平性这些概念是理解薪酬管理体系的控制和评价背后的逻辑性的基础。因为薪酬管理体系的目的是吸引和保留员工，以及激励员工的组织所期望的行为方式，所以收集表明组织能否达到这些目标的数据是十分有意义的。
因此，很多组织评价员工对于薪酬和其他组织因素的态度，计算流动率和其他离退职的统计数据，获取离职面谈的信息，用多种方法来衡量员工的生产率。所有这些手段都能够提供信息，来验证组织的薪酬管理体系是否达到了它的目标。但是，薪酬不是影响组织吸引、保留和激励员工的能力的唯一因素。
因此，对评价方法必须进行谨慎的考虑，保持适当的角度。造成经理人员、管理者和员工违反已建立的薪酬政策并因此使薪酬管理体系的有效性削弱的原因可能来自于人的本性。
当然，组织政策和其他因素也是重要的影响因素。无论这些原因是什么，薪酬管理人员都必须在薪酬管理体系开始运行以后尽力保持它的完整。
这就意味着必须建立薪酬管理政策，并将其传达给经理人员、管理者和员工。对违反薪酬政策的行为必须予以确认和纠正。当违反薪酬政策的行为导致了组织所不愿出现的结果时，常常需要采取惩戒措施。
通过监控工资调整和要求重新进行工作评价，薪酬管理者和人力资源经理能使许多危机在到来之前得以减轻。
除了违反薪酬政策的行为以外，其他因素也可能导致薪酬管理出现问题。例如，管理者可能会错误地对其下级的工作绩效作出评价。如果管理人员将所有员工的工作绩效都评价为最低等级，下级们的工资就不能得到适当的绩效加薪。
虽然管理人员的行为可能不是故意的，但结果却仍然可能是员工没有得到合适的工资，他们将感到个体上的不公平。薪酬管理人员可以使用一些控制指标，来反映出工资是怎样在同一工资等级中进行分配的，以帮助确定潜在的问题。
薪酬管理体系的其他方面包括为每个具体的员工确定工资水平和加薪决策的政策和程序。典型的加薪程序是建立在资历、绩效(或二者的结合)之上的。如果绩效是加薪的最基本的决定因素，那么薪酬政策应该表明由绩效评价向加薪决策转换的程序。许多组织都建立了为这样的转换提供指导的绩效工资模板。
总之，在薪酬管理体系建立之后，还需要从实践中不断找出弊端，跟随市场变化，对薪酬管理体系不断修正和完善，以保证薪酬管理体系能合理的促进企业发展。