在劳动法规中，加班指职工在休息日和法定休假节日工作;加点指职工在符合法定标准工作时间的制度工时以外延长工作时间。目前存在的主要问题有：第一，企业在没有申请批准实施特殊工时制的情况下，职工每月延长工作时间超过36小时、每天超过3小时。第二，企业虽然可以实施综合计算工时制，但在周期内职工平均每月延长工作时间超过36小时、劳动强度超过3级的岗位出现日工作时间超过11小时的现象。
加班加点工资支付存在的问题主要有：企业以计件工资为由，或设置过高劳动定额以未完成日劳动定额为由，不支付加班加点工资。第二，计算加班加点时间不足，随意剔除部分工作辅助时间及生理必须的时间。第三，企业不遵守加班加点工资计算基数规定，基数设置过低。有的企业利用法律法规存在的问题，干脆不明确工资标准，或者在劳动合同、工资制度中以当地的最低工资标准作为工资标准，将当地最低工资标准作为加班加点计算基数。
1.加班加点的成本相对较低。这涉及两个问题，一是我国现有的规定，企业工资支出的附加成本过高。按照目前的规定，对于企业而言，工资附加部分刚性的支出主要是“五险一金”。以江苏省南京市2013年为例，养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险企业缴交比例大致为劳动者上年月平均工资的32.3%，如果该企业建立住房公积金制度的话，最低还需加上8%的比例。此外，还有职工福利、工会经费、教育经费等相应的支出。由于增加用工人数的成本会高于加班加点的成本支出，企业会适当减少用工人数，通过加班加点满足生产经营需要。当然，合理、适度的加班加点是法律法规所允许的，也是企业增强市场竞争力的手段，无可厚非。
2.部分企业缺乏社会责任。一些企业为获取扩大利润，不择手段压缩人员配置，降低人工成本，没有依法执行加班加点和加班工资的相关法律法规。在实务操作中，实际情况千变万化，对工作时间的计算缺乏明确的法律法规支持，如工间就餐、开工准备、工作交接等时间在法规层面没有具体规范，一些企业在计算工作时间时予以剔除。当然，《特殊工时管理规定》已经在立法之中，对这些问题的解决值得期待。
3.违法成本过低。根据原劳动部《工资支付暂行规定》第18条规定，对于企业拒不支付劳动者延长工作时间工资的，并没有明确处罚标准，仅仅笼统表述为按国家有关标准执行。当然，不少地方对此作出了明确的规定，但处罚标准并不高。例如，浙江省2002年10月1日实施的《浙江省企业工资支付管理办法》第36条规定：对支付加班加点工资不足的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令企业按照应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金。在激烈的市场经济中，企业为了生存或提高竞争力，控制人工成本的压力巨大，由于违法成本过低，一定程度上说，加剧了加班加点及其工资支付的问题。
4.劳动者的维权意识和维权力量不强。在目前的情况下，劳动者的力量不够强大，维权意识薄弱，甚至不少劳动者不惜透支身体，希望通过加班加点增加收入，给一些企业违法经营提供了便利。特别是农民工，许多加班加点及其工资支付的问题都集中在这部分劳动者的身上。一方面由于就业竞争力不强，找工作难，害怕失去工作岗位，客观上造成劳动者不敢维权;另一方面由于法律知识缺乏，自我保护意识不强，不懂得如何保护自身的合法利益。而事实上，我国劳动法律立法虽然从上世纪九十年代开始取得了长足发展，但有很长的路要走。目前的劳动立法层次低，多以行政规章规范，并且上世纪五六十年代的部门规定仍在调整劳动争议。这给劳动者维权也带来诸多困难。一旦发生劳动争议，需投入大量的时间和精力去解决，使得劳动者积极维权的动力不够，很多时候默认了企业的违法行为。
5.执法尺度不一，执法难度大。目前，劳动争议仲裁机构与人民法院之间以及不同的人民法院之间，在加班工资的执法尺度上存在较为严重的不统一现象。对于加班事实的举证、加班时间的举证、加班工资的计算基数、工资构成、计件定额、加班工资的保护期限、特殊工种加班工资的计算、考勤表与电子考勤的认定等等，这些与加班工资纠纷密切相关的问题，未能完全形成统一的意见。导致加班工资纠纷经过劳动仲裁后，当事人向法院起诉或申请撤销仲裁裁决的比例较高。甚至上下级法院之间在上述相关问题上认识也存在一些不统一的现象。执法尺度不一，增加了执法难度。同时，《报告》的数据说明，目前加班加点及其工资支付的问题还较大范围存在，执法部门只能做到被动执法、应对投诉，无力应对主动执法。相对于劳动者的维权能力，企业的举证能力较强，再加上企业的实际情况又十分复杂，进一步加大了执法难度，许多不合法的加班加点得不到有效打击。
6.平等协商和集体合同制度没有得到有效落实。目前，集体合同的签订及工资平等协商没有普遍实行。即使签订了集体合同，也多是履行程序，实质性条款不多，职工方与企业方平等协商的力量不够强大，话语权不多，工资平等协商实际上是不平等协商，企业方的力量主导了协商结果。
建议
1.加快立法进程，尽快在法律层面规范加班加点及其工资支付。一是加快出台《特殊工时管理规定》，规范工作时间的计算口径。二是规范加班加点工资计算基数。应拓宽工资概念，把奖金等纳入计算基数。三是及时清理法规和部门规章，对已不适应经济发展的法律法规应及时废止，避免执法标准不统一。同时要增强法律法规的可操作性，不能有太多的弹性，约束自由裁量权。
2.加大法律法规的宣传力度，增强劳动者的自我保护意识和维权意识。要鼓励劳动者理性维权，敢于拿起法律武器保护自己的合法权益。有资料显示，《劳动合同法》实施后，在加班工资纠纷方面，单位败诉率高。通过劳动者的主动维权，有利于促使企业依法规范操作，有利于劳动用工的规范发展，真正保障劳动者的休息休假权。
3.加大违法打击力度，加大违法成本。要“消”、“防”相结合，以“防”为主，改变被动执法的现状，每年对各类企业进行抽样执法，审查企业的薪酬制度及其执行情况，真正从源头上解决问题。提高目前的处罚标准，加大企业违法成本。通过打击和引导，增强企业的法律意识，培育企业的社会责任，自觉维护劳动者的合法权益。
4.完善维权机制，完善平等协商和集体合同制度。一方面平等协商和集体合同制度的实施要扩面，改变目前主要在国有企业实施的局面;另一方面，要着力解决平等协商和集体合同制度的可操作性问题，真正发挥制度的力量。从目前的制度设计看，协商双方的力量不对等、能力有差距，无法真正做到平等。问题的主要症结在于企业工会组织的独立性不够，有的甚至成了企业的职能部门;职工方的代表组成以普通职工代表为主，在协商时会不自觉地考虑到自己的职位，做不到敢于表达意见。建议地方工会组织组建专兼职集体合同指导员队伍，给当地企业签订集体合同提供援助;同时，以地方工会组织为主导积极推广区域集体合同、行业集体合同的签订，弥补企业集体合同的不足。