薪酬管理对于几乎任何一个组织来说都是一个比较棘手的问题，这主要是因为企业的薪酬管理系统一般要同时达到公平性、有效性和合法性三大目标。同时，在制度上给予规范化和明确化。
(1)所谓公平性，是指员工对于企业薪酬系统以及管理过程的公平性、公正性的看法或感知，这种公平性涉及到员工对于本人薪酬与企业外部劳动力市场薪酬状况、与企业内部不同职位上的人以及类似职位上的人的薪酬水平之间的对比结果。
(2)所谓有效性，是指薪酬系统在大多程度上能够帮助组织实现预定的经营目标。这种经营目标并不仅仅包括利润率、销售额等方面的财务指标，还包括客户服务水平、产品或服务质量、团队建设以及组织和员工的创新和学习能力等方面的一些定性指标的达成情况。
(3)所谓合法性，是指企业的薪酬管理体系和管理过程是否符合国家的相关法律规定，从通行情况来看，与薪酬有关的法律主要包括最低工资立法、同工同酬立法或反歧视立法等等。然而不仅在这三大目标之间有时会存在一些内在的冲突，即使是在公平性这一目标上，企业往往也处于两难境地。比如说，员工对于薪酬公平性的一个重要判断基础是本人的薪酬水平与其他同类企业中同类人员之间的薪酬对比状况，其他条件相同的情况下，本企业的薪酬水平越高，员工的公平感就会越强。
但是，企业的薪酬水平如果过高，又会对企业形成成本压力，对企业的利润产生不利影响，从而在薪酬的公平性和有效性之间产生了矛盾。此外，在薪酬管理的合法性和有效性之间有时也会产生类似的冲突。即企业有时在不守法的情况下会有利于增加收益，比如不遵守最低工资立法的规定给工人支付低工资。
因此，企业在很多时候必须在薪酬的公平性、有效性以及合法性三大目标之间找到平衡。