越来越多的企业开始重视岗位职责的明晰、薪酬管理体系、绩效管理体系。然而在实际的运行中却存在各种各样的问题，
1、薪酬战略缺失
企业战略其实就是企业谋略，是对企业整体性、长期性、基本性问题的规划，就是以未来为基点，为适应环境变化、赢得竞争优势和取得经营业绩而做出的事关全局的选择和行动。在管理基础薄弱的企业中，制定有切实可行的企业战略的公司很少，拥有符合企业战略和企业现状的人力资源战略、薪酬战略的更是凤毛麟角。领先、跟随、滞后的薪酬战略千篇一律的公司薪酬设计方案，分别适应于企业的不同阶段和不同类型，在这些企业中，他们不知道，如何在企业发展的不同，运用不同的薪酬战略。
2、薪酬理念缺乏
薪酬理念明确了企业在薪酬管理方面所倡导的价值导向，是薪酬体系的灵魂。它指明了公司到底为什么样的行为和什么样的业绩进行付酬。在大多数管理基础薄弱的企业中，不知道应该对何种价值付酬，薪酬理念缺乏。他们通常的做法是按照行政级别、学历和在企业的工作年限来进行价值分配，而对职位所承担的责任和风险、员工的技能水平、员工的能力等产生绩效的真正关键因素，没有引起应有的重视。
3、职位价值没有量化、薪酬的内部公平性不足
在很多管理基础薄弱的企业中，薪酬的内部不公平方面存在的问题，比薪酬的外部竞争性方面存在的问题更为严重。通常来讲，企业老总们会注意到薪酬管理中公平的各层次——各生产要素所有者所得的公平、同等级员工薪酬的横向公平、不同等级员工的纵向公平等，但他们往往只注重了薪酬设计结果的公平，而忽视了对薪酬界定的程序公平的关注。在这类企业老总们看来，只要使员工得到的薪酬与他们的相对工作价值或企业的贡献相当，薪酬框架的设计与操作是公开和隐蔽的操作并不重要。因此相当一部分企业选择了黑箱操作的薪酬框架，这在企业规模较小的情况下，也不会出现什么大问题，但是当企业规模一旦大起来了，就会出现问题。
4、薪酬结构失衡
公司薪酬设计方案中的薪酬结构是由固定薪酬和浮动薪酬组成，薪酬结构失衡主要有两种体现：第一种是薪酬结构的失衡。比如在很多管理基础薄弱的企业中，福利这一薪酬要素往往没有引起足够的重视。薪酬结构失衡会致使企业的薪酬体系在运行过程中缺乏足够的灵活性，无法满足多数员工在薪酬方面的不同需求，特别是对员工的短、中、长期激励的组合效果产生影响。很多企业将福利完全变成了保健因素，激励效果很差，自助福利的设计没有引起重视。第二种是各类人员的薪酬单元组合比例失调，如固定工资比例过高，绩效工资比例过低，容易导致薪酬的激励作用无法有效发挥。
5、职业发展通道缺乏，结果导致升薪通道单一
在大多数管理基础薄弱的企业里面，没有对员工的职业发展通道进行考虑。员工的职业发展通道缺乏，薪资晋升渠道不畅，不利于员工的有效激励。另一种后果是由于中国的“官本位”意识较为浓厚，人们一般以管理“职业锚”或“官阶”的大小判断他们对企业贡献的多寡。因此，企业内的管理岗位成为各级各类员工的生涯发展目标。单一的“官本位”或管理“职业锚”的发展通道，会诱导企业大多数发展潜力良好的员工首先考虑将其全部精力倾心于职务的晋升上，从而缩小企业高素质员工的生存与发展空间，这对企业的长远发展是极为不利的。
6、薪酬没有“动”起来，薪酬和绩效表现关联性不强
在大多数管理基础薄弱的企业，员工的薪酬和绩效没有很强的关联。员工的薪酬变得极具刚性，没有较好地体现出薪酬的激励作用。在薪酬管理中，实行动态薪酬的目的，就是让员工的薪酬与企业的经营业绩、团队业绩或者个人业绩相关联，以实现企业与员工之间风险共担、利润共享的一种制度安排。在科学的薪酬管理中，一般会通过调整工资的等差、职位等级的级差、薪酬总额的计划比例、薪点值的调整、考核系数的调整来让薪酬“动”起来。造成薪酬静态化的一个重要原因是企业的绩效管理水平较低，没有科学的依据来让薪酬“动”起来。
7、对金钱之外的其他激励手段关注得不够，忽视薪酬体系中的“精神价值”
在大多数管理基础薄弱的企业中，老板认为薪酬就是钱。这是一种极其错误的想法。广义的薪酬可分为内在薪酬与外在薪酬两个部分。外在薪酬是指企业支付给员工的工资、奖金、津贴、福利等实质性东西，它需要企业在经济资源方面付出代价。内在薪酬是指人们从工作本身中得到的满足，它一般无须企业耗费什么经济资源。正是企业的“唯钱论”，使后者受到了极大的忽视。这是一种很典型的而且也是很原始的薪酬管理观念，因而员工的人格得不到尊重，优秀的人才得不到重视和发展。在不少企业中，很多高技术人才的离开，不是因为钱太少，而是因为“精神价值”没有得到恰当的激励。
8、薪酬激励不及时
由于企业的整体管理水平较低，加之很多企业的直线经理没有掌握好有效激励下属的技能，这都大大的降低了薪酬激励的及时性。当员工通过自己的努力，做出了杰出的业绩，这个时候，如果直线经理不运用包括薪酬激励在内的激励手段，对员工的行为进行及时的肯定，这会极大的挫伤员工的积极性。同样是奖励，如果过上几个月，它的作用将大打折扣，如果他的行为得不到及时地激励的话，将极大影响其工作主动性和热情。企业管理者们，请大胆、及时地去肯定那些优秀的员工吧!