一些中小民营企业管理层往往难以摒弃“重物质，轻人力”的观念，认为员工的高付出劳动都能通过即时高薪酬补偿，认识不到人力资本的增值潜力，忽视人力资本长期投入，薪酬制度缺乏长期激励机制。
一、没有形成合理的薪酬制度
在中国，大多数民营企业都未建立合理的薪酬制度，薪酬制度的缺失往往影响人力资源各个制度有机结合，不能充分发挥企业人力资源各个制度的功能，甚至发生矛盾，从而大大影响企业人力资源管理效果。甚至有些企业老板仅凭谈判情况与以往经验定夺员工的薪资标准，缺少科学性，致使企业员工薪酬标准不统一，在进行薪酬决策时，主观因素作用大，没有科学依据。究其根源主要有两方面：第一，民营企业尚没有认识到要建立薪酬制度的必要性。第二，企业缺乏专门从事人力资源管理的专业人员。对人力资源的管理大部分是由非专业人员进行，其结果是力不从心。
二、薪酬要素比例失衡
企业薪酬一般由基本工资、绩效工资、奖金和福利、津贴等部分组成。在一些民营企业中，往往对福利这一薪酬要素缺乏足够的重视。企业员工在薪酬方面会有不同需求，薪酬要素结构不合理往往影响企业的薪酬体系在运行过程的灵活性，无法形成对员工的短、中、长期激励效果。甚至在很多中小民营企业，没有进行自助福利的设计，致使激励效果很差。有些企业绩效工资比例过低，而固定工资比例过高，影响了薪酬激励作用的有效发挥。
三、薪酬分配政策不合理
由于缺乏竞争的环境，同时受企业规模的限制，中小民营企业员工薪酬水平从整体上低于市场平均水平，再加上企业为了降低成本，往往对薪酬加以控制，致使多数中小民营企业的薪酬政策不合理，在进行薪酬分配时，企业不依据员工对企业贡献程度，而仅仅以员工所处级别及工作内容作为分配标准，致使中小民营企业薪酬管理缺乏竞争力，很难招收或留住优秀人才。
四、缺乏有效的薪酬管理激励机制
虽然绩效工资制是中小民营企业普遍采用的形式，但实际上员工的工资没有真正同员工的绩效结合。由于缺少科学合理的绩效评价标准，无法对员工的工作贡献科学准确地衡量，薪酬与绩效不相匹配导致员工工作效率下降，大大减弱薪酬的激励功能。另外，中小民营企业薪酬制度缺乏长期激励机制，一些中小民营企业管理层往往难以摒弃“重物质，轻人力”的观念，认为员工的高付出劳动都能通过即时高薪酬补偿，认识不到人力资本的增值潜力，忽视人力资本长期投入，薪酬制度缺乏长期激励机制。
五、薪酬分配缺乏公平性
由于种种原因，多数民营企业尚未建立全面、完善的薪酬管理制度，企业老板在员工应聘时或与之谈判后，凭经验及个人喜好决定员工的薪酬，主观随意性较大，致使企业内部员工工资标准不规范。民营企业内部薪酬管理体系的不规范现象，造成企业内部同工不同酬或者同酬不同工的问题，这使职工心里感到不公平，使员工没有认同感与归属感，影响了工作积极性。