缺乏科学合理的薪酬设计，是现阶段一些企业普遍存在的问题。很多莫衷一是、多个标准的薪酬制度在短时期内可能不会出现问题，但长期内必然会影响员工的积极性，进而影响组织效率。
一方面，薪酬与岗位的特点、员工的能力素质关联不大，缺乏公平性。员工的薪酬仅仅由员工的来源决定;另一方面，薪酬没有与实际工作绩效相联系，投入与产出不匹配。公司的月工资以固定薪酬的形式发放，与员工的实际努力相脱节，容易使员工产生“上班拿钱，天经地义”的思想。实际上，薪酬应当具有保健和激励的双层功能。
保健功能一般由固定薪酬来实现，主要是满足职工的生活和发展的需要，补偿员工为教育、培训、技能增进所做的投资;而激励功能主要由绩效薪酬来实现，主要是为了奖励员工所取得成绩和对组织的贡献。
此外，薪酬设计程序不合理，缺乏必要的沟通。在L公司的薪酬制度的设计过程中，没有给予员工参与其中的权利和机会，对薪酬的结果也没有做必要的说明，而只是简单地实行了薪酬保密制度。事实上，企业中的员工会通过非正式的渠道了解彼此的薪酬，而非正式的渠道得来的消息常常是不准确的、歪曲的。
企业要形成凝聚力，提高和保持组织高效率，实现企业战略目标。科学、统一的薪酬体系是必不可少的。在薪酬设计中，主要应当通过科学的薪酬体系设计和决策程序设计以及有效的沟通来实现公平。提出以下几点建议：
首先，通过科学的薪酬体系设计，体现薪酬的公平性。在薪酬体系设计方面，华恒智信提出的具有专业影响力的三薪导向工资体系，即业绩导向，能力导向，职位导向，较好地表现出公平的薪酬体系要求薪酬与岗位特点、员工个人能力素质以及实际工作绩效相关联。
其次，通过合理程序和有效沟通，保证薪酬公平的实现。 可根据需要给予员工参与薪酬系统设计的机会，其中最为员工关心也最能体现公司战略目标的薪酬构成以及薪酬的影响因素应该为员工所了解。另外关于薪酬结果的沟通也是必不可少的，对薪酬结果给予清晰、合理的解释;同时，主管在与下属沟通的过程中，应当尊重下属，给予下属发言权。
第三，薪酬体系的改善需要不同组织文化的融合。公司和外部招聘的人员，组织构成复杂，不同组织文化环境的员工有不同的企业价值观，不同思想的融合是一个漫长的过程，企业需提供给员工相互磨合，认同新企业的时间。