我国许多中小企业均采用薪酬管理制度保密制度，使得员工很难判断在报酬与个人绩效之间是否存在着一定联系，从而引起员工猜疑，产生不满情绪。我国中小企业薪酬管理制度中存在的主要问题主要表现在以下几个方面。
一、薪酬管理制度与企业发展战略不匹配
现阶段我国很多中小企业对薪酬管理制度概念的界定缺乏理性的战略思考。而战略是企业为了适应未来环境的变化，寻求长期生存和稳定发展而制定的总体性和长远性的谋划与方略，制定企业薪酬管理制度战略对中小企业尤为重要，关系到企业是否能够吸引人才、留住人才，能否实现总体战略目标。
薪酬管理战略必须与企业总体战略和人力资源战略相协调，目前我国大多数中小企业就薪酬管理论薪酬管理，把薪酬管理本身当成一种目的，缺少考虑将薪酬管理于企业战略进行匹配。
正确的做法是从企业自身的总体战略和人力资源战略高度出发来设计薪酬管理系统，结合绩效管理系统来最大限度地发挥员工的积极性和创造性，从而使得薪酬管理与企业战略目标相匹配。
二、薪酬管理制度不科学、不规范，缺乏弹性薪酬管理
是由公司根据劳动的负责程度、精确程度、负责程度、繁重程度和劳动条件等因素，将各类薪酬管理划分等级，按照等级确定薪酬管理标准的一种制度。薪酬管理是薪酬管理系统其它组成部分的基础和根本。薪酬管理不科学是其它薪酬管理问题的根源。
但很多中小企业没有形成科学合理的薪酬管理，导致这些中小企业在工资体系管理方面却问题明显。
很多中小企业几乎不做薪筹调查，即使做，调查范围也非常有限，只是粗略考察市场总体薪酬管理水平，而且很多中小企业员工的工资标准约定俗成或由企业领导随意确定，员工的各种工资性项目的核算缺乏明确的依据和科学的方法，员工无法通过薪酬管理来了解自己的大致收入，严重损伤了员工的工作积极性。
薪酬管理制度缺乏弹性主要是指薪酬管理结构中不同层次和不同岗位员工的工资水平等级较少，在工资体系中与员工绩效或企业效益挂钩的项目较少，总体上表现出员工之间的工资差距较小以及员工的工资基本没有起伏的现象，使得绩效与薪酬管理没能很好的挂钩，无法发挥应有的激励作用。
三、薪酬管理透明性差，忽略了薪酬管理制度沟通作用
员工一般都对薪酬管理制度的公平性高度敏感。不透明的薪酬管理制度会让员工感觉到企业在进行暗箱操作，进而使员工对制度公平性产生怀疑，对企业失去信任，降低员工满意度，从而削弱企业薪酬管理制度的员工激励功能。
而我国许多中小企业均采用薪酬管理保密制度，使得员工很难判断在报酬与个人绩效之间是否存在着一定联系，从而引起员工猜疑，产生不满情绪。
薪酬管理制度的一个重要原则是“薪酬管理就是沟通”，管理层只有与员工通过相互交流沟通各自的意图，公开相关的薪资信息，才能使薪酬管理变得更加科学有效。
四、福利体系尚不完善
员工福利是薪酬管理体系中的一个重要组成部分，是企业或其他组织以福利的形式提供给员工的报酬，是对员工生活的照顾，是组织为员工提供的除工资与奖金之外的一切物质待遇，是劳动的间接回报。
企业要与员工建立长期的合作关系，除基本薪酬管理制度和可变薪酬管理制度部分外，还应有效地运用福利措施，以显示企业对人才的重视、对员工的关心。
但我国许多中小企业对员工的福利投入较少。其中一些中小企业连社会保险中的“三险一金”部分也未能全面覆盖。
另有一些中小企业虽然为员工提供了“三险一金”，但还没有开始从激励的角度结合员工的具体需求去设计企业的福利，如休假、带薪休假等，而己有福利的执行力度也不大，没有建立起完善的福利体系。
五、忽视某些重要的非经济性报酬
非经济性的报酬包括参与决策、学习与进步的机会、挑战性工作、就业的保障性、员工个人价值的实现等。目前，相当一部分中小企业将经济性薪酬管理当做是对员工进行激励的惟一手段或者最重要的手段，认为只要支付了足够多的工资，就能吸纳、激励和留住人才。而那些受教育水平较高的人才首先看重的是个人发展机会、成就感等非经济性报酬，其次才是高工资等经济性报酬。
薪酬管理是企业管理的源动力，有了财源支撑方可确保人才滚滚。同理相应，企业要善于运作人才智慧去创造更大的财富。因此，只有吸引、挽留、规划与激励优秀基层员工，提高人才危机意识，增强企业自身的核心竞争能力，企业最终才有做强、做大的可能。