目前在一些小型的民营企业当中，在薪酬管理上存在着一些缺点，正是这些缺点导致企业的运营发展受到影响。
总体来说，除了缺乏专业的人力资源从业人员外，小企业在薪酬管理上的缺点主要表现在三个方面：
一、民企薪酬管理支付不合理
众所周知，薪酬支付是民企薪酬管理的重要组成部分，对员工满意度高低影响甚重，而小企业在薪酬支付上普遍存在不合理的情况，要么延期支付，要么缺斤短两，不注重公平，这对于企业的稳定和发展都是极其不利的。
二、民企薪酬管理分配依据不清晰
一般而言，薪酬分配应当有明确的依据和参考，诸多结合岗位、员工个人能力、工作绩效、物价水平和企业总业绩等情况，这是合理可行的。但部分小企业却完全没有这样做，很多时候连员工自己都不清楚自己的薪酬都怎么来的。
三、民企薪酬管理构成无视激励
对于小企业来说，经营和发展都离不开员工的贡献，而且很多时候一个人要做两个人，甚至三个人的工作量，这时候一定要重视对员工的薪酬激励，比如可以从民企薪酬管理构成上入手，加大浮动薪酬的比例。但部分小企业显然没有这么做，不仅薪酬不变，而且漠不关心，试想哪个员工会愿意长期停留?
民企薪酬管理作为企业人力资源管理的基础和核心对内，对于企业的稳定和发展具有重要的作用。所以企业要想获得好的发展，不仅要保证薪酬管理实现公平合理的原则，而且还要注重适时适当的创新。
企业的薪酬管理和战略规划关联紧密，而很多民营企业缺乏战略规划，导致员工看不到未来的发展前景，自然薪酬激励也就起不到应有的效果。其实很多时候员工进入企业工作并不仅仅是为了金钱，还有良好的发展空间、和谐的人际关系等都是非常重要的。
这是很多民营企业的痼疾，因为他们根本就没有什么企业文化。其实企业文化是非常重要的，它不仅关乎薪酬管理，而且可以有效的引导员工的工作观和价值观。
一个真正良性的企业文化所培育出来的员工都是有理想、有目标、讲信誉的，他们懂得并愿意为长期利益而暂时放弃眼前的一些利益。而大多数企业由于是没有意识到企业文化的有效价值，一味的通过物质刺激、利益导向，这样的短视企业即便一时成功，但不会长久。
如何科学地把握全面薪酬的两个方面，使它们有机统一起来，是企业经营者经济面临的一个难题。一般地来说，外在激励由于是可量化的，它们可以通过市场竞争来达到一个平均的水平。关键是企业要能适时地了解和掌握市场上本行业内各种岗位的各种薪酬方式的平均水平，否则，把握和控制自己公司的薪酬待遇水平就失去了依据。薪酬高了则增加企业成本，低了又吸引不来人。内在的激励虽然是非货币化并难以量化的，但有一部分内容也反映在市场竞争之中，可以通过市场进行了解，如培训机会、公司名望等。还有一部分内容则完全要靠公司自身不断地培育和积累，如公司文化、工作环境、公司对个人的名誉表彰等等。