薪酬审计是人力资源审计的重要组成部分。它是指按照特定的标准，采用综合性的研究分析方法，对组织的薪酬管理系统进行全面检查、分析与评估，为改进薪酬管理功能与技术而明确问题以及问题产生的机理，提供解决问题的方向与思路，从而为组织战略目标的实现提供科学支撑。薪酬审计的核心内容是薪酬战略审计、薪酬功能审计及薪酬技术审计。
一、战略性审计：薪酬战略与公司战略的一致性
薪酬战略审计首先要确保薪酬战略支撑公司战略。公司战略是人力资源管理病因此也是薪酬管理的最高目标。G·约翰逊/K·斯科尔斯(1998)声称，战略管理是所有管理者的责任，而且这种责任正变得越来越重要。管理人员仅在职能范围内或可操作的范围内考虑管理是不够的;仅仅处理好自己的工作，并且保证他人也能很好地处理自己范围内的工作也是不够的。现代组织处在复杂的环境中，要求越来越快、越来越有效地采取战略对策。对管理者最低要求是，他必须了解所管理的部分是怎样与战略问题和组织的其他部分相互融合的。如果不这样，就会严重地损及战略管理的有效性，妨碍战略目标的实现。
波特(M.E.Porter，1997)的价值链理论也肯定了人力资源管理特别是薪酬管理对企业竞争优势的影响。这种影响可以从“薪酬的战略性视角”中找到从公司目标、战略规划、愿景与价值观一直到公司的薪酬体系并最终实现公司竞争优势的一个逻辑发展过程。在这个模型中，任何一个高一级的举措都决定了下一级举措的方向，从而，在薪酬战略审计中，这些高一级的举措就成为审计基准，以此来判断薪酬战略与公司战略以及人力资源战略的一致性。
薪酬战略审计的第二个层面是要确保薪酬战略支撑公司的竞争战略，即确保薪酬战略必须与公司的低成本战略、差别化战略和集中化战略的要求保持一致。在低成本战略下，公司的战略目标是覆盖整个市场，公司的竞争优势集中于成本低于竞争对手，产品线的要求是生产质量好、标准化的产品，从而薪酬战略就需要强调以工作为基础的薪资、低工资成本、重新审视公司奖励的实践，达到既要金钱奖励，又不能增大不必要的开支以及用绩效评估作为控制机制，鼓励节约与降低成本。
二、功能性审计：薪酬功能匹配与整合
薪酬功能审计要解决的问题在于薪酬功能与公司其他职能之间的匹配以及薪酬功能与人力资源管理中的其他功能(如招聘甄选等)之间的整合。组织是一个系统，这个系统中的每一个子系统或更小的系统之间必须相互兼容支撑，才能保证组织有效地运转并实现组织的目标。
薪酬战略不仅要适应于特定的公司战略和竞争战略，而且要与业务—职能战略相匹配。这些薪酬决策的核心价值在于确定了特定战略下薪酬功能与各业务—职能领域之间的兼容关系并能够被用作“审计基准”。根据麦尔斯和斯诺的分类，公司有三种：保守型(在较稳定的产品市场中运营的公司)、探索型(不断寻求新技术和新的市场机遇，并愿意冒风险的公司)、解析型(在不同产品市场中运营的公司，一些相对稳定，另一些则易变)。在这些不同的类型下，公司的薪酬管理功能应该与产品—市场战略、研究与开发战略、产品战略以及营销战略等职能战略保持一致，并最终能够支持公司的竞争战略。
薪酬功能不仅需要在特定的公司战略框架下与各职能战略保持一致性，而且也必须在组织发展的不同生命周期阶段与各业务职能领域保持匹配，这样才能确保薪酬功能在公司的动态发展过程中时刻保持适应性。显然，一个公司在初创阶期、成长期、成熟期、衰退期的市场、生产、财务等功能方面的要求是不一样的，薪酬功能也不可能“以不变应万变”。在企业的成长期，公司市场功能的重点是建立商标信誉，开拓新销售渠道;生产经营方面关注改进产品质量，增加花色品种;在财务方面，公司需要妥善积聚资源，以支持生产。基于这些功能的要求，薪酬功能的任务就是激励员工获得能力，发展生产和技术能力(徐二明，2002年)。
薪酬功能审计的另一个关键在于审明薪酬功能与人力资源管理其他功能之间的整合程度。人力资源功能的整合是高绩效工作系统的一个基本特点，而高绩效工作系统本身就是一个战略实施系统，它根植于公司较大的战略执行系统之中，人力资源系统和较大系统的许多不同方面都存在相交点，也许在同一方面还与人力资源系统的诸多要素有重合之处。公司必须经常不断地强化这种意识，明了人力资源系统各要素之间是否匹配恰当。也就是说，知道人力资源在多大程度上加强了各个要素之间的联系，还是在多大程度上导致了各要素之间的冲突。例如，一家公司可能把高于市场的工资政策和全面性绩效管理系统进行整合。这种整合使得该家公司有一大批才能出众的求职者，培养了一大批高绩效的公司员工，并且认可和奖励那些高绩效的优秀员工。与此相对比的是，当人力资源系统各要素存在冲突时，组织鼓励员工组成团队一块工作，然后根据每个人的贡献大小提供加薪和升迁(布莱恩·贝克、马克·休斯理德、迪夫·乌里奇，2002年)。
对薪酬功能整合的一个比较清晰的归纳来自于迈克尔·阿姆斯特朗。他区分了不同的人力资源战略，如强化业绩管理、延伸员工技能基础、为员工能力和职业发展服务、强化就业质量、增强员工责任感以及增加激励效果等，并根·据这些不同的战略来确定薪酬功能应该具备的要求(迈克尔·阿姆斯特朗，2004年)。在强化业绩管理的人力资源战略下，招聘功能的重心在于基于能力的招聘甄选，而培训开发功能则需要强化基于能力的培训，因此，基于功能整合的需要，薪酬功能方面集中于基于能力的薪酬体系构建。阿姆斯特朗还对加强人力资源功能整合提出六条注意事项：第一，分析企业需要及其特点;第二，评估人力资源管理战略;第三，识别员工所必须拥有的工作能力和行为;第四，对现存的人力资源管理实践活动的有效性和变化的需要进行评估;第五，分析把不同管理功能连接在一起的范围;第六，制定计划发展这些功能，特别要注意它们之间的联系。总之，人力资源管理功能整合的目的就是要获得一致，这意味着要采纳一种整体的方法，创新不能割裂与其他方面的关系。必须寻求机会，找到每个实践都能相互支持的方法，达到协同效果，通过多项人力资源的实践的首创来确定共同的需求，如果他们是有目的地被联系在一起的。