1、薪酬制度不规范、弹性差
很多中小企业没有形成科学合理的薪酬管理制度，员工的工资标准约定俗成或由企业领导随意确定，员工的各种工资性项目的核算缺乏明确的依据和科学的方法，员工无法通过薪酬制度来了解自己的大致收人。弹性差主要指薪酬结构中不同层次和不同岗位员工的工资水平等级较少，在工资体系中与员工绩效或企业效益挂钩的项目较少，总体上表现出员工之间的工资差距较小以及员工的工资基本没有起伏的现象。
2、薪酬方案没有得到及时有效的调整
国内很多中小型企业往往不够重视调整和优化工资体系工作，薪酬系统一旦确定后就长期执行，结果使薪酬本身失去了应有的激励作用，或者是等到暴露出大量问题后不得不进行调整。有的企业虽然及时调整了薪酬方案，但新的方案没有在原来的基础上进一步优化，依然存在不科学的因素，有的甚至带来新的矛盾。
3、忽视薪酬沟通环节
现在许多中小企业都采用薪酬保密制，提薪或奖金发放不公开，使得员工很难判断在报酬与绩效之间是否存在着联系。人们既看不到别人的报酬，也不了解自己对公司的贡献价格的倾向，自然会削弱这些制度的激励和满足功能。薪酬管理的一个重要原则是“薪酬就是沟通”，管理层只有与员工通过相互交流，开放相关的薪资信息，才能使报酬制度变得更加有效。