薪酬管理是一件十分复杂的事情，如果出现一些管理措施欠妥，则可能会影响劳资关系的稳定。
1、薪酬水准低于市场水准
市场上的薪酬水准是影响企业薪酬水准的重要因素。如果一个企业自身的薪酬水准低于市场水准，同时又没有与之相配合的措施如较高的福利、便利的工作条件、有吸引力的培训机会等，就很难避免员工流失，直接或间接地影响企业的经济效益和发展目标。
2、执薪不公，没有做到同工同酬
如果在企业中出现了同工不同酬，认为自己受到不公正待遇的员工可能会减少自己的投入，降低努力程度，在极端的情况下将发展为辞职。如果这是一名普通的员工，他的做法给企业造成的损失可能不会太大，但有可能是公司的名声受损。如果这是一名优秀的员工或是一名高级主管，他的消极工作态度，甚至是辞职离去，给企业造成的损失将会不小。
4、管理层薪酬远远高于基层员工
如果出现这种情况，企业的主要干将即基层员工与管理层的关系疏远甚至僵化，基层员工情绪低落，士气下降，整个公司将回出现死气沉沉的局面。
3、劳逸不均，人力资源运用不当
如果一家企业中，有的员工一天到晚忙得连喘息的机会都没有，有的员工却无事可做，喝茶聊天，其薪酬管理系统肯定存在问题。长此以往，该公司的员工都将是牢骚满腹，造成内部不团结，影响士气。
5、没有依据绩效调薪，或绩效评核不公平
毫无根据地随意调薪，或绩效评估不公正，都会导致企业员工对企业的薪酬系统产生怀疑，以至不满。
6、薪资拖延发放，计算经常出错误
不按时发放薪资，薪资计算经常出错，都会导致员工对公司的信用产生疑问，很可能使公司名誉遭受损失，也可能是外部投资者对该企业丧失信心。
7、公司利润未能与员工适当分享
第一，分给员工的过少。这样可能会导致员工的不满，影响员工工作的积极性;
第二，分给员工的过多，这样公司自身留取的盈余可能不能满足长远发展的需要，与前者相比，公司的损失更大。
薪酬管理是企业人力资源管理的核心内容。在现代企业管理中，薪酬已不仅仅是具有传统的企业生产成本支出功能的载体，而是已经与企业人力资源开发战略紧密相联的管理要素。