薪酬管理是企业整体人力资源管理体系的重要组成部分，是在组织发展战略指导下，对员工薪酬支付原则、薪酬策略、薪酬水平、薪酬结构、薪酬构成进行确定、分配和调整的动态管理过程。
而股权激励是对员工进行长期激励的众多方法之一，属于期权激励的范畴，是一种通过经营者获得公司股权形式给予企业经营者一定的经济权利，使他们能够以股东的身份参与企业决策﹑分享利润﹑承担风险，从而勤勉尽责地为公司的长期发展服务的一种激励方法。
其中有四大对比可以显示两者的不同：
一：员工收入
薪酬管理：员工的收入结构以工资、提成和奖金为主，奖金的性质决定了是优秀者才能得到。另外，员工的薪酬收入由当地同行业水平来决定，薪酬收入属于公司的成本费用，一般员工的总收入略高于同行业就已经很不错了。所以，老板给出薪酬和奖金后，总是希望把和收入挂钩的指标做到尽量高，实现老板利益最大化，而经理人则希望拿同样的钱少干事，于是形成了和老板的博弈。
股权激励：股权激励制度下，激励对象收入以身股和银股分红为主。分红与多创造的利润挂钩，只要企业和员工共同多创造了价值，就可以分红，是一种上不封顶，稳定、公开、公平的利益共享机制。
二：劳资关系
薪酬管理：劳资对抗，你多我少：薪酬从成本费用中扣除，员工收入和老板的收入之间是你多我少的关系，所以会存在劳资对抗的经济基础，并且员工不占有股权和分红，也就没有动力主动控制成本费用，劳资之间是对抗关系。
股权激励：劳资一体，共同努力：在公司和员工过去收益固化的基础上，股权激励创造一种劳资共享收益的制度，经理人有动力去控制成本费用，增加业绩，创造更多的利润。
三：管理特征
薪酬管理：老板为顶级，从上到下命令式管理，基本消灭了老板以外所有人的主观能动性。老板用防范坏人的方式来管理企业，就必须借用大量报表、会议，用人对人的直接管理来维持效率和忠诚。因此，只有用七八个人为一个层次的直接管理半径，才能使效率传递并安全。这使企业管理成本在企业成长时剧增，多数企业都会产生严重的臃员。
股权激励：强调自我管理：用股权共享的方式按利润中心实施激励，将打工的头领模拟为老板，使管理变得简单易行，这就像社员当年种自留地一样高效。也可使大量的报表、会议在自己管理自己的过程中被削减，形成扁平化的治理结构，使企业找到夫妻店效率+沃尔玛规模的高效路径。
四：监制机制
薪酬管理：薪酬注重的是分级管理，其关注重点在“一把手”。由于机制设计偏重从上到下的机理，对“一把手”的贪污浪费，其他人就没有对抗和揭发的动力，缺少了下级对上级的监督，从而难有自我约束的机制。
股权激励：股权激励强调自我管理、自我约束。所以，“一把手”以外的人员仍有10%-20%的激励。这便可以产生下级对上级的监督，从而完善自我约束的机制。也会使公司从上到下的财务监督和管理变得简单易行、成本低廉。