从总体管理流程来看，薪酬管理属于企业人力资源管理的一个末端环节，它位于一系列人力资源管理职能之后，尤其是在职位分析与评价以及绩效管理等完成之后才能得到的一个结果。
第一、高估作为一种独立系统存在的薪酬的作用
从总体管理流程来看，薪酬管理属于企业人力资源管理的一个末端环节，它位于一系列人力资源管理职能之后，尤其是在职位分析与评价以及绩效管理等完成之后才能得到的一个结果。但是，薪酬管理的作用绝不仅仅是“分蛋糕”或者是论功行赏，薪酬分配本身既是一种结果，同时也是一种过程。进而言之，薪酬系统本身所规定的分配方式、分配基准、分配规则以及最终的分配结果，会反过来对进入价值创造过程的人的来源以及价值创造过程本身产生影响。也就是说，薪酬分配的过程及其结果所传递的信息有可能会导致员工有更高的工作热情、更强烈的学习与创新的愿望，也有可能导致员工工作懒散、缺乏学习与进取的动力。
目前，我国相当一部分企业将薪酬当做对员工进行激励的惟一手段或者最重要的手段，相信重赏之下，必有勇夫，只要工资高，一切都好办;只要支付了足够的薪水，企业在人力资源管理方面就可以减少很多的麻烦，比如更容易招聘到一流的员工，员工更不容易离职，以及更便于向员工施加努力工作的压力等等。在这些企业中，薪酬往往成为企业激励员工的一个撒手铜，加薪成为解决人的问题的一种最得心应手的手段。
根据赫兹伯格的双因素理论，薪酬主要属于一种保健因素而非激励因素。即高的薪酬水平可能会保证员工不会产生不满感，但是并不能自然导致员工产生满意感。事实上，这种情况在我国许多企业员工尤其是那些受教育水平较高的人身上体现得非常充分。劳动力市场上很多人为了个人的能力发挥，以及寻求适应自己的企业文化和领导风格而辞去高薪酬的工作，宁愿接受薪酬水平稍微低一些的工作。事实上，很多时候，当员工抱怨对于企业的薪酬水平不满时，真正的原因并不一定是薪酬本身有问题，很可能是员工对于企业人力资源管理系统的其他方面有意见，只不过是借薪酬说事罢了。这时，加薪仅仅是对员工在其他方面不满所导致的心理损失提供一种补偿，却丝毫不会产生企业所期望的激励效果。
第二、薪酬结构零散，基本薪酬的决定基础混乱
从我国很多企业的工资表上，你都能看到多达五六项、七八项甚至十几项的工资构成，看上去甚是复杂。究其原因，就在于许多企业的薪酬体系设计是一种机械式的设计思路，认为薪酬中应当体现的某种因素比如岗位的重要性、技能水平的要求高低、最低生活费用等等，都必须在薪酬结构中单独设立这么一个板块。事实上，很多时候，企业的薪酬构成被划分得越是支离破碎，员工的薪酬水平差异就越是不容易得到合理的体现，因为既然你单独设立一个薪酬项目，那么大家必然要多多少少都拿一点。不仅如此，薪酬构成板块过多还会造成另外一个不利的后果，这就是，员工的薪酬水平高低到底取决于什么变得模糊了。员工既不清楚决定自己的工资与他人的差异主要是什么原因造成的，也不清楚自己怎样能够通过个人的努力来增加薪酬收入，更看不到企业的薪酬系统鼓励什么，与企业的战略之间是一个什么样的关系。
从我国企业的实际状况来看，对于管理类、事务类以及生产类的员工来说，以职位为基础的基本薪酬决定方式起码在现阶段是比较适用的。但是，需要指出的一点是，即使是在我国一些明确实行了岗位工资的企业中，在岗位的界定和评价方面仍然存在很多误区。在我国的许多企业中，作为基本薪酬决定依据的与其说是岗位，不如说是行政级别或者是人员类别，而不是真正意义上的经过分析和评价之后确定的岗位。比如说，很多企业的部门经理都拿基本相同的薪酬，理由是他们属于同一类岗位，但事实上，不同部门经理所承受的压力以及对企业战略目标的贡献差异非常大，你可以说他们是在同一个行政级别上，却不能说他们属于同一个等级的岗位。对一些规模较大的电信企业以及保险企业中进行实际量化职位评价的结果表明，不同的部门经理职位通常可以被划分为三到四个不同的岗位等级。
对企业来说，对技术类人员实行以技能为基础的基本薪酬决定方式，可能是比较合理也比较有利的。只不过在实行技能工资制的情况下，企业必须制定出明确的技能等级评价以及再评价的方案，而不能搞成变相的论资排辈。目前我国企业单纯依赖国家的职称评定系统来界定技术类人员技能等级的做法，已经远远适应不了人力资源管理的需要，企业必须自行研究制定适用于本企业技能资格的等级标准，并定期进行评价和重新评价，这样才能保证技能工资制真正落到实处。
第三、薪酬系统的激励手段单一，激励效果较差
在基本薪酬差距一定的情况下，薪酬对于员工的激励主要取决于两大主要工具，一个工具是绩效加薪，另外一个工具是奖金的发放。所谓绩效加薪，就是在员工现有基本薪酬的基础上，参考市场薪酬水平，同时主要根据员工的绩效评价结果(有时还要考虑员工所在部门的业绩以及整个公司的业绩)来增加员工的基本薪酬的落千丈一种做法。奖金也是一个主要与员工个人的绩效相关的现金奖励。但是两者之间存在一个具有较大差异的特征：绩效加薪会导致员工的基本薪酬不断提高，而奖金则大多属于一次性支付的性质，奖金的发放并不改变员工的基本薪酬水平口绩效加薪具有一种刚性特点，尽管每次加薪的幅度往往不大，但是久而久之就可能导致企业在不知不觉中，将员工的基本薪酬提高到对成本构成较大压力的地步。而与此同时，这种日积月累式的加薪也渐渐被员工们看成一种理所当然的既得权利，而不是一种员工激励性的力量。因此，企业可以在绩效优异时支付较高水平的奖金，而在绩效不佳时适当控制奖金的发放，从而适当控制成本。
当前，在我国许多企业中，生产工人的薪酬管理制度相对来说变得越来越合理，越来越接近市场的要求，但是对于管理类、事务类、技术类以及一些营销类员工的薪酬体系设计却仍然有着浓厚的传统的计划经济体制的色彩。许多企业喊了很久要拉开企业内部的收入分配差距，但实际上却往往是雷声大，雨点小。我们知道，员工的收入差距，一方面应当取决于员工所从事的工作本身在企业中的重要程度以及外部市场的状况，另一方面还取决于员工在当前工作岗位上的实际工作业绩。