我国的中小企业普遍存在一些问题，这这些问题中，人才流失已成为影响我国中小企业发展的重大问题。 目前我国中小企业薪酬管理存在的问题主要有以下几个方面：
第一，概念性上的错误
很多中小企业首先考虑的是怎么样去最大程度降低成本，结果造成企业只考虑压缩员工的薪酬，以至于拖欠员工的工资、雇佣童工、不依法给员工缴纳相应的保险等情况也时有发生。事实上,薪酬对于企业来说不仅仅是成本,而且也是帮助企业实现其目标的重要手段。企业可以通过薪酬来影响员工的绩效,以合理的薪酬作为激励手段,有效地提高员工的绩效。薪酬定位的错误,必然影响员工的工作效率、工作态度和对企业的归属感,从而造成人才流失,制约企业战略目标的实现。
第二，薪酬体系不够完善科学
部分中小型企业在工资体系管理方面存在着很多的问题,并没有形成科学合理的薪酬管理体系, 薪酬结构比较的零散混乱。有些企业是由领导随意确定员工的工资标准, 对于员工的各种工资性项目的核算缺乏比较明确的科学依据方法,导致员工自身对公司薪酬体系处在不明朗的理解状态。有时基本薪酬与绩效奖金的比例失衡，也会让薪酬体系没有发挥出预期的激励效果。
第三，薪酬分配缺乏公平合理性, 奖惩不公
一般而言,中小企业管理者能注意到薪酬设计结果的公平,但却往往会忽视薪酬评定程序的公平性。多数中小民营企业内部薪酬管理体系不规范, 薪酬标准混乱,同工不同酬或同酬不同工现象严重。这种暗箱操作的做法,使员工难以相信自己所得薪酬的相对公平性,从而使薪酬制度达不到原有的激励效果。不同的岗位对企业的贡献表现方式不同,有的出成绩较快,有的工作成果往往在短期内难以得到体现,但对于企业的长远发展有决定性的影响。实际工作中有许多中小企业往往重视员工对企业当前的贡献,而管理方面只由老板一个人说了算,带有很大的随意性和偶然性,缺乏科学性、合理性与合法性,进而加深企业管理者与员工之间的矛盾。同时,这种老板拍板式的薪酬制度在具体操作中带有很大的主观性,因为凭借老板的主观臆断决定员工的薪酬的分配与晋升,当企业规模较大时,老板很难了解每个人的绩效,实施起来就比较困难。
第四，管理层与基层员工的薪资悬殊太大
最近几年, 我国的贫富差距越来越大, 其中很重要的一个原因是由于企业高层与底层员工之间薪酬待遇差距较大而引起, 并且还有继续扩大的趋势。差距一旦过大后, 就会引起一系列问题的出现。员工不满情绪高涨, 出现新的不可预料的矛盾等等。其实企业用年薪制这种薪酬模式来激励、留住高级管理人才并不是不可取的, 只是在实际运用中往往出现了一些偏差, 不切实际的现象时有发生。这对企业的发展来说相当不利。比如说, 一个年年都入不敷出或利润都不怎么高的企业, 高管人员的薪酬过高的话, 就会给企业带来沉重的经济负担。近几年, 虽然我国人民经济水平有所提高, 员工的总体工资水平有了很大的提升, 但是, 绝大数工人、底层员工的工资水平涨幅很不明显, 多数企业还在使用廉价的劳动力进行生产。高层薪酬高涨而低层薪酬不涨或涨幅很小, 进一步拉开了二者之间的薪酬差距。
此外，还有一些中小企业家认为采用高工资、厚福利等物质激励就可以引进和留住人才。事实上，采用提高工资、改善福利等手段进行物质奖励，在短期内能够取得一定效果，但再高的待遇也不可能使人得到绝对的满足。
人才最重视的是个人发展的机会,其次是成就感,再次才是高工资等物质的因素。不少中小企业重视高薪投资引进人才,但是却忽略了为人才创造发挥才能的宽松环境,使得不少人才发出“英雄无用武之地”的感慨。