建立科学的企业薪酬管理体系是一件很难得事情，如果出现一些设计纰漏或管理措施欠妥，就可能会影响到劳资关系的稳定，轻则影响员工的工作积极性，说严重点会影响到企业的稳定和可持续发展。其中就有三大阻碍，如果处理不妥很容易引起企业员工的不满。
一、在同一层次和同一级别的员工中，有些人一天到晚忙得连喘息的机会都没有，而有些员工却无事可做。这样的现象原因在哪里?关键就是岗位工作分析出现问题。
企业薪酬管理同级别和层次的员工岗位工作量、工作难易程度、岗位职责不一致，其薪酬的公平、公正和薪资对等性肯定存在问题。长此以往，公司的员工一定会是牢骚满腹，轻则造成内部不团结，影响士气，重则造成员工消极、人心不稳，跳槽频繁。
二、企业薪酬管理的构成一般由基本薪、职位薪、绩效薪、年资、加班工资、奖金等组成。尤其是基本薪、职位薪、绩效薪的比例要合理，基本工资对企业来说一般是通用型，满足当地最低工资水准，体现薪水的刚性。
而职位企业薪酬管理则是根据不同职位的工作分析，来分析岗位的价值，做出科学准确的岗位评估，来体现职位薪水的高低，满足员工内部薪资平衡心理，绩效薪是根据绩效结果的达成，来确定绩效工资多少，企业内不同层次的员工，绩效薪占整个薪资总额比例不一样。
三、企业薪酬管理水平是否影响到企业吸引人才的能力和在行业的竞争力、如果一个企业的薪酬水准低于当地同类型企业和行业市场水准，同时又没有与之相配合的措施如稳定、较高的福利、便利的工作条件、有吸引力和提升性的培训机会等，就容易造成员工流失，直接或间接影响企业的利润率和经营发展目标的实现。
如果一个企业薪酬管理不能做到同工同酬，员工就会认为自己受到不公正待遇。因此，员工在工作中就会产生消极怠工，降低努力程度，在极端情况下将有可能造成辞职。如果这是一名普工的话，或许他的做法给企业造成的损失不会太大，但却可能使公司名誉受损。如果这是一名优秀员工或者高级主管，他的消极工作态度，甚至是辞职离去，给企业造成的损失将难以估量。
科学的企业薪酬管理体系对于企业来说具有很大的作用。很多在发展中的企业由于没有一个完善的薪酬管理体系，进而导致其发展的速度非常缓慢。只有认知薪酬管理体系的作用机理、把握薪酬要素在企业营运过程中体现出的管理思想，薪酬管理体系才能在现代企业管理中发挥出最大的作用。