阿米巴经营哲学对阿米巴奖励机制的设计具有很大的指导意义，同时，阿米巴组织良好的奖励机制设计，有助于阿米巴经营哲学的落地实践，达成企业与基层员工双赢的格局。
1、阿米巴奖励机制设计所运用的经营哲学
稻盛和夫的经营哲学，主要包括：六项精进、经营十二条、经营为什么需要哲学这三个方面的内容。我们进行阿米巴经营奖励机制设计，可以参考这些经营哲学精髓。
“六项精进”，是每个人一生中最重要的修炼。《六项精进》浓缩稻盛和夫敬天爱人思想的精髓，为稻盛和夫经营哲学系列著作之一。
“经营十二条”超越国境、超越民族、超越语言差别，是人生成功的铁则，是经营者的生存智慧，是不可替代的稻盛哲学。
《经营为什么需要哲学》是稻盛和夫畅谈企业长青的秘籍，提出经营需要正确的哲学，它体现在制度规范、思维方式与企业品格等内容上，全面而立体地展现了稻盛和夫经营哲学思想，应用于实践的深远影响。
2、阿米巴经营的激励体系
国内许多企业在进行管理模式变革或实施新政策之初，员工的抗拒感比较大，推行有较多阻力。企业在导入阿米巴经营模式时，需要建立阿米巴经营的员工激励体制。
阿米巴经营模式的重要目标是“人人成为经营者”，企业在追求利益的同时重视员工的幸福感和培养有经营意识的人才，调动员工的积极性。阿米巴是全员参与的经营，它离不开相应激励体制的建立。而阿米巴组织划分就是为员工提供机会，让员工能站在经营者的立场去出发，为经营好阿米巴组织而谋划。这需要企业给予一定的支持和权力，才能让员工感到重视，与企业站在同一阵线一起成长，从而在阿米巴之间的形成良性竞争。
阿米巴经营激励体系是根据现有人力成本来进行核算的，奖金是按收入总额阶段进行核算的，在不同的阶段对高、中、基层的主要决定作用按比例进行分配。可以看出：
第一，在只完成了目标任务的时候，基层员工获得奖金最多，说明企业高层管理的决策对增加收入没起任何作用，此时是基层员工的作用最大，因此这个阶段应该给基层员工分配较多奖金;
第二，当实际完成任务超出目标任务一点点的时候，企业高层领导和中层管理者获得的奖金有所提高，说明在此阶段，企业中高层领导人的决策对增加收入起了一定的作用，但还是基层员工起主导作用。
第三，当实际收入大大超出目标收入的时候，企业高层决策者获得最高的奖金分配，说明在此阶段，起决定作用的是企业高层了，因此企业高层应获得更多的奖金。