员工自动离职，从主观上，其已经没有继续为原用人单位服务的意愿，客观上采用不辞而别的方式不再为用人单位服务，其实质是员工违反劳动合同、劳动法规的规定，违法解除与用人单位解除劳动关系。
1、做好入职时的准备工作
员工入职时，应具体收集员工的联系地址方式或者联系人，并说明公司的相关文件，邮寄至联系地址或其他联系人，即视为送达员工本人。这样员工离职时，可以联系到员工，也可以将企业的决定等文件及时传达给员工。
尽可能的明确招聘、培训等用人单位的费用支出，便于计算员工造成损失的数额。
2、主张赔偿损失
如果员工自动离职确实给企业造成了损失，企业可以依据《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》，收集相关证据，向劳动者主张赔偿。
3、向员工送达解除劳动关系的通知书
用人单位可以按员工入职时确定的联系地址或者联系人，向员工送达《告知书》，告知员工自动离职的法律后果和责任。
4、制定相应规章制度
企业应结合《劳动合同法》第三十九条制定规章制度，将自动离职纳入严重违反规章制度的范畴，做到在处理员工自动离职时有据可依。