员工关系的管理过程中一般会遇到以下风险问题：
(一)公司规章制度制定、公示风险：
用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。一个合法有效的规章制度必须符合以下三点：
(1)规章制度必须通过民主程序制定;
(2)规章制度不能违反国家法律、行政法规及政策规定;
(3)规章制度必须向劳动者公示。
(二)入职管理的风险
入职管理的风险主要是：员工学历证书虚假问题、隐瞒个人信息(如重大疾病等)，或没有解除劳动关系或有保密条款或者其他约定的等造成劳动关系无效，导致雇佣方承担连带责任。应对措施是：
(1)规范入职登记表;
(2)核对候选人提交的证明材料;
(3)查验各类证书的真伪;
(4)严格规范体检标准;
(5)背景调查报告。
其中，入职登记表要有个人声明：以上所填各项均为真实情况，并充分了解上述资料的真实性是双方订立劳动合同的前提条件，如有弄虚作假或隐瞒的情况，属于严重违反公司规章制度，同意公司有权解除劳动合同或对劳动合同做无效认定处理，公司因此遭受的损失，员工有对此赔偿的义务，并要求员工签字确认;最后的背景调查报告必须要有被调查的员工亲自授权，以防侵权。
(三)试用期期间的风险
在试用期内，公司的管理制度必须符合法律法规的规定，防止产生法律风险。试用期间公司的管理要做到：
(1)试用期期限要合法，试用期最短1个月，最长6个月，并且试用期只能约定一次。
(2)试用期不能脱离劳动合同而存在，要以劳动合同为依据。
(3)试用期工资标准有限制，即劳动者在试用期的工资不得低于本单位相同岗位最低工资的80%，并不低于用人单位所在地的最低工资标准。
(4)试用期解除劳动关系理由应充分。
(四)培训协议风险
劳动法中明确指出：用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期限。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。
风险提醒：
(1)违约金不应超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
(2)支付违约金的情况不仅包括员工离职，还应包含因严重违反公司纪律被解雇情形下的违约金支付情况。
(3)单位必须出具第三方开的培训费用发票才能证明对劳动者进行过培训，企业内部培训或没有第三方发票的都不算。
(五)保密协议与竞业禁止风险
《劳动合同法》规定：对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按月向用人单位支付违约金。竞业限制期限不得超过2年。
(1)保密协议
根据我国《反不正当竞争法》规定，“商业秘密”是指不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益、具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。
《劳动合同法》第23条第二款规定：“对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款。”该条款将劳动者的保密义务延续到了劳动合同终结后。 因此，劳动者与用人单位之间的保密约定，既可以以保密条款的形式写入劳动合同，也可以单独订立一份保密协议，两种形式的效力是相同的。
(2)竞业禁止
所谓竞业禁止，亦称“竞业避止”、“竞业限制”，是指负有特定义务的员工在离开岗位后一定期间内不得自营或为他人经营与其所任职的企业同类的经营项目。