改革以来，我国的铁路、公路、水运和民航等运输方式均得到较快的发展，而且随着交通运输事业市场化程度的不断提高，各种运输方式之间的市场竞争也已全面展开。但是，由于多年来运输市场分属不同部门管理，缺乏统一的总体规划和政策指导，各种运输方式发展很不平衡：公路高速发展，近几年年投入2000多亿元，高速公路已达3万多公里，位居世界第二;铁路、水运相对发展缓慢，铁路客运量十多年来一直徘徊不前，运输份额持续下降，公路运输承担了大量的长距离大宗散货运输;衔接不同运输方式的综合运输枢纽建设严重滞后，铁路、公路和水运在同类客货源上盲目竞争的现象较为普遍。
面对全面建设小康社会的新形势和贯彻落实科学发展观的新要求，交通运输的进一步发展必须走以提升系统协调能力为主的内涵式发展道路。首先，要满足国民经济和社会发展总体需要，特别是满足经济社会向循环经济、绿色经济、生态经济、知识经济发展的基本需要;其次，要符合经济社会可持续发展对交通运输的总体要求，建立安全、高效、经济、协调、绿色的交通运输体系;第三，交通对资源的占用、对环境的破坏及交通伤亡等要控制在国家允许范围内，实现资源、环境、交通的和谐统一。
根据我国的国土、人口、资源分布和产业布局等特点，综合评估各种运输方式造成的土地占用、能源消耗、运输费用、环境影响、运输安全等成本效应，未来我国交通运输应选择“优先发展铁路、促进铁路公路协调发展”的战略模式，既要摆脱目前对公路运输过于依赖的发展束缚，也不能因强调铁路发展而削弱其他运输方式的发展。其发展思路可概括为三点：通过增加铁路投资，加快铁路发展，逐步提高铁路在运输市场中的份额并维持在合理水平;确保公路、水运、管道稳步发展，实现航空运输快速发展;通过增量调整和存量升级，推动各种运输方式在发展过程中按照比较优势进行分工与协作，使运输结构和运输布局不断趋于优化。