该系设有1个工商管理本科专业，工商管理第二学士学位专业，企业管理和技术经济管理2个硕士学位点。下设安徽大学工商管理学院公司治理研究中心、公司文化研究中心、投资管理研究中心。
工商管理专业旨在培养适应现代市场经济需要，具备人文精神、科学素养和诚信品质，掌握现代管理理论，具有国际化视野、创新意识、团队精神，具有实践能力与沟通技能。学生毕业后，能从事工商企业及非盈利组织管理工作或理论研究和教学工作的综合型人才。
主要课程包括：管理学、微观经济学、宏观经济学、会计学、统计学、经济法、财务管理、市场营销、管理信息系统、企业战略管理、运营管理、人力资源管理等。