民以食为天，食以水为先。水资源直接关系着人类的生存与发展。当前，世界水问题十分突出，水污染与水体富营养化严重、干旱和洪涝灾害频发，灾情加重，直接威胁着人类健康和生命安全。水问题已成为国际上自然科学研究的核心问题之一，国际上许多著名的大学都设立了水科学研究的专门机构。我国中长期科技发展规划将水资源问题作为重要内容，水利部在水利发展中长期规划中，除将地表水作为重点研究内容外，将地下水作为突出研究内容，并加强相应的研究机构建设，国家环保总局、国家发改委等部委也非常重视水资源工作。水问题的研究已成为我国经济发展的重大需求。
在我国，一方面，由于国家的学科调整，使研究水科学人员分散在不同的学科中;另一方面，鉴于目前研究水科学的专业人员严重缺少，尤其是从事地下水研究的专业人员更为缺乏，使得培养水科学的研究队伍迫在眉睫。为了顺应国家经济发展对解决水问题的重大需求，培养更多优秀的水科学专业人员，同时也为了顺应“将北京师范大学建设成为综合性、有特色、研究型的世界知名大学”的发展目标，2005年1月，在完成以中国科学院刘昌明院士为首席科学家、中国科学院林学钰院士为课题组长的“黄河流域水资源可再生性演化规律”的国家重点基础研究发展规划项目后，北京师范大学聚集了一大批从事地表水和地下水研究的知名学者和良好的科学研究团队，在两位院士的倡议下，率先在国内高校创立了水科学研究院。水科学研究院现设有水科学研究所、地下水环境安全研究所以及地下水科学与工程研究中心，并拥有水沙科学教育部重点实验室。
在中国科学院刘昌明院士、林学钰院士的学术指导与带动下，水科学研究在北京师范大学经过多年的发展，已拥有地下水科学与工程博士点;水文学及水资源、地下水科学与工程两个硕士点。