基础医学院是北京中医药大学历史最长、规模最大的教学科研单位，其前身为北京中医学院中医系，创建于1956年。1980年经卫生部批准成立了中医基础理论研究所，实行系所合一的管理体制，1985年更名为中医基础医学部。1996年1月经教育部批准正式改名为北京中医药大学基础医学院。 2000年6月，原北京针灸骨伤学院与北京中医药大学合并，划归教育部管理，同时成立了新的北京中医药大学基础医学院。
自创办之日起，许多为新中国中医药事业做出开创性贡献的国医泰斗在基础医学院执掌教席，使这里成为全国乃至全世界中医药学术的权威学府。半个世纪以来，学院培养了一大批功底深厚、才华出众的医界精英，如著名的中医药学家刘渡舟、任应秋、赵绍琴、王绵之、程士德、王玉川等，他们在中医学理论研究、临床研究等各个领域取得了丰硕的成果。目前，基础医学院形成了以国家“973”项目首席科学家、国医大师、长江学者特聘教授、著名中医学家等为核心、高层次中青年学者为主体、结构合理的导师队伍。
基础医学院拥有中医基础理论、中医诊断学、方剂学、中西医结合基础、中医临床基础、中医医史文献6个国家级重点学科，拥有中医基础理论、伤寒学、中医诊断学、中西医结合基础、内经学、金匮要略、古汉语与医古文、中西医结合基础(药理学)、中医循证医学、中医体质学、航海中医药学11个国家中医药管理局重点学科，拥有中医临床基础和中医医史文献2个北京市重点学科。基础医学院拥有博士、硕士学位授予点各12个，2个博士后流动站，3个局级重点实验室，3个校级重点实验室，其综合实力在全国同类学院中名列前茅。
基础医学院现设有研究生招生专业：中医基础理论、中医临床基础、中医医史文献、方剂学、中医诊断学、中医体质学、中医临床药学、中医养生康复学、中医文化学、中西医结合基础、中西医结合循证医学和中西医结合药理学等12个。学院承担多项国家科技部“973”计划、“863”计划、“十一五”“十二五”支撑计划、国家杰出青年基金、国家自然基金、国家中医药管理局及北京市自然基金等各项科研课题、承担国家级普通高等教育“十五”、“十一五”、“十二五”规划教材主编、副主编等多部。
基础医学院2012年招收硕士研究生123 名，2013年132名，2014年144名，实现了硕士研究生招生规模的稳步提高;2012年招收博士研究生62名，2013年54名，2014年65 名，博士研究生的培养质量不断提高。2012年-2015年，博士研究生就业率实现100%，硕士研究生升学及就业率保持在99%左右。
进入21世纪，学院秉承“勤求博采、厚德济生”的校训精神和50年来形成的优良学术传统，在办学理念、人才梯队、技术平台等方面与时俱进，与北京中医药大学同发展，与中医事业共辉煌。
基础医学院招生咨询电话：010-64286195.
基础医学院研究生招生办公室：基础医学院三楼321室