农学与生物技术学院的前身是始建于清末的京师大学堂农科大学农学门，已经有102年的历史。 1949年由北京大学农学院、清华大学农学院、华北大学农学院相关院系合并组建为北京农业大学农艺学系、植物病理学系、昆虫学系和园艺学系，并设置相应的本科专业。1952年，随着全国性的高等学校院系调整，将原来的系和专业调整为农学系(设农学专业)、园艺系(设果树蔬菜、造园2专业)、植物保护系(设植物保护专业)。1958年，学校进行系和专业调整，调整为农学系(设农学专业、农业植物生理及生物化学专业、作物遗传选种及良种繁育专业)，园艺系(设果树园林专业、蔬菜栽培专业)，植物保护与农业微生物学系(设植物病理专业、农业昆虫专业、农业微生物专业)。
1986年学校进行机构改革和院系调整，设农学系(农学专业、作物遗传育种专业、农业气象专业)，园艺系(果树专业、蔬菜专业、观赏园艺专业)，植物保护系(植物病理专业、农业昆虫专业)。1995年学校将农学系、园艺系、植物保护系合并为植物科技学院，按照农学专业、作物遗传育种专业、植物病理专业、农业昆虫专业、果树专业、蔬菜专业、观赏园艺专业等专业招生培养。1999年，学校又将原农学系、园艺系、植物保护系分别调整为作物学院、植物保护学院和园艺学院，分别按照农学专业、植物保护专业和园艺专业招生和培养，但具体按照作物栽培学与耕作学、作物遗传育种、植物病理学、昆虫学、植保与植物检疫、果树学、蔬菜学等专业方向进行培养。2001年园艺学院新增园林专业、2002年作物学院新增种子科学与工程专业。
2002年，学校大规模进行院系调整，将作物学院、植物保护学院和园艺学院合并为农学与生物技术学院，举全院力量按照农学专业、植物保护专业、园艺专业、园林专业和种子科学与工程专业招生与培养(表1)。多年来，农学与生物技术学院已培养了成千上万名各层次的农学、植物保护、园艺、园林和种子科学工程等高级人才。近三年，培养博士生200余名，硕士生300余名。目前，农学与生物技术学院普通全日制在读本科生1520人，硕士生752人，博士生360人，外国留学生16人。
学院现设有农学系、植物遗传育种学系、植物病理学系、昆虫学系、植物保护与植物检疫系、果树学系、蔬菜学系、种子科学系和观赏园艺与园林系等9个教学机构。现有国家玉米改良中心，教育部杂种优势研究与利用重点实验室、农业部作物基因组学与遗传改良重点开放实验室、农业部作物栽培学与耕作学重点开放实验室、农业部分子植物病理学重点开放实验室、农业部农作物病虫草害生物防治资源研究与利用重点开放实验室、北京市果树逆境生理与分子生物学重点实验室、北京市作物遗传改良重点开放实验室、教育部玉米育种工程中心等8个部级重点实验室或研究中心。
学科建设方面，学院拥有作物栽培学与耕作学、作物遗传育种学、植物病理学、农业昆虫与害虫防治学、果树学、蔬菜学、植物检疫与农业生态健康学、园林植物与观赏园艺、种子科学、作物生理学等10个二级学科，其中作物栽培学与耕作学、作物遗传育种学、植物病理学、农业昆虫与害虫防治学和果树学等5个学科为国家级重点学科。在2006年的部分国家一级学科评估中，参评的作物学和植物保护学2个一级学科均被评为第一名。在2007年的国家重点学科评估中，作物育种学、植物病理学、农业昆虫与害虫防治学等二级学科被评为第一名。通过“十五”期间的重点建设，上述各学科点继续保持国内的领先地位，在一些领域，如玉米育种、作物节水栽培技术、杂种优势机理、害虫生物防治等领域达到国际领先或者先进水平。同时，蔬菜与设施园艺学、园林植物与观赏园艺学和植物检疫学等新兴学科也得到了很大发展，为校级重点建设学科。
截至2007年6月，学院共有在岗教师225人;其中专任教师201人，教授77人、副教授 88人，讲师36人， 35岁以下教师31人。具有博士学位的教师占专任教师的比例占83.7%.其中有中国工程院院士2人、“长江学者奖励计划”特聘教授1人、“973”首席科学家2人、国家杰出青年科学基金获得者11人、跨世纪/新世纪人才14人、国家级教学名师1人，这批具有创新能力和发展潜力的中青年学术带头人和学术骨干脱颖而出，正日渐成长为在国内外同类学科领域内具有较大影响力的学者群体。已经形成了一支年龄结构、专业结构、学缘结构合理、学术水平高的师资队伍。
“十五”期间，学院承担国家“973”、国家自然科学基金、国家“863”、国家科技攻关等项目400余项，科研经费达18224万元。发表论文2000余篇，其中SCI等五大检索系统收录论文303篇;授权专利19项，育成新品种24个，累计推广面积超过2亿亩;获得省部级以上科技奖励39项，其中国家科技进步一等奖1项，国家科技进步二等奖2项，国家科技进步三等奖1项，省部级一等奖5项，省部级二等奖7项;成果转让金额超过1000万元。目前，学院承担各类课题200余项。2006年科研经费达7000万元，获得1项国家发明二等奖，发表 SCI论文153篇。
随着本科专业的拓展，农学与生物技术学院本科招生规模稳步增长，在师生共同努力下教学质量不断提高，学生就业率在我校名列前茅，学生受到用人单位一致好评。