基础医学院是学校重要的教学、科研部门之一，承担着中医基础学科、西医基础学科及经典医著的教学科研工作。
学院现有教职工90人，具有副高以上职称的占全院教职工的70%，其中教授17人。学院根据中医、中西医结合事业发展需要和学科特点，不断地探索改革，经过几代人的努力，在教学、科研和人才培养等方面都取得了较大成绩。
目前学院有与学科发展相适应的中医基础理论、医古文、伤寒金匮、温病学、方剂学、内经医史各家学说、生理学、病理学、微生物学与免疫、生物化学、医用生物学、正常人体解剖与组织胚胎学及藏医药学等教研室共13个，实验室6个，其中中西医结合基础学科实验室以其特有的学科优势，积极开展科研协作和攻关，取得了多项科研成果。
学院现有省级重点学科1个，中西医结合基础；省级重点课程4个，温病学、方剂学、各家学说、生物化学等。有硕士授位点7个，有中医基础理论、中医诊断学、中医临床基础、方剂学、中医各家学说、中医医史文献、中西医结合基础。学院目前有全国名老中医4名，享受政府特殊津贴专家9人，有一批国内外知名学者和研究生导师。一批学识渊博、治学严谨、勇于探索的高层次、高素质教师队伍，承担了博士、硕士等多层次50余门课程的教学。在他们辛勤耕耘下，为中医药培养了一大批德才兼备的优秀高级人才，许多人已成为各单位骨干和学术带头人，并被邀请出国讲学、留学。
学院十分注重科研工作的开展。实行院所全一的管理模式，基础医学研究所现下设有仲景学说研究室、热病研究室、方药研究室、肿瘤研究室、养生康复研究室、症侯研究室、中医药与免疫研究室、生物化学与分子生物学研究室等级个研究室。方药研究室长期致力于中药复方配伍规律的理论、临床及实验研究，其研究的特色是将药物基本组成结构的研究、多功效单味中药在复方中功效发挥方向的决定性四因素的研究，作为复方配伍规律的主要研究内容，不仅完善、丰富、发展了中医方剂学理论，开拓了本学科发展领域，划清方剂学与中药学的界限，提高方剂教学质量，拓展学生思路，指导临床用药具有重要意义，而且对指导新药研制增效结构，开发特效新药，促进经济发展亦具有重大意义，因此受到国内外专家的认同与重视。其研究成果已有被一些教材所引用，国家自然科学基金已于1997年将其正式确定为重点研究项目。
近年来，研究所共完成了国家“七五”攻关课题、国家自然科学研究基金以及省厅级数十项重大科研课题，在中医基础理论、复方配伍规律、中医药治疗外感热病、癌症机理及中药防治、红细胞免疫、中医药提高人体免疫力、延缓衰老、消除疲劳、益智方药以及文献整理等方面的研究，也处于国内领先地位和先进水平，先后获得省级以上科技进步奖20余项，省厅级科技进步奖50余项。其中异功化瘤口服液是一种新型的无毒副作用的癌分化诱导剂，属国际先进、国内领先水平，荣获四川省科学进步一等奖和四川省中医药科学技术进步一等奖。
学院的中医经典学科学术研究也在全国居于领先水平，传统中医教育颇具特色，据此，学校在七年制中医专业中开设高层次传统型中医人才培养方向，强化中医经典教学，提高中医临证能力。根据我省民族医药需求的特点，学院设有藏医专业专科，为民族团结、培养藏医药高级人才做出了较大的贡献。