2007年8月16日，在上海合作组织比什凯克元首峰会上，俄罗斯时任总统普京倡议成立“上海合作组织大学”，得到各成员国的一致赞同。
上海合作组织大学多边合作的法律基础有三个层面：
上海合作组织大学的法律基础
一、政府层面，2006年6月15日在上海签订了《上海合作组织成员国政府间教育合作协定》;
二、政府教育主管部门层面，2008年10月23日在阿斯塔纳签订了《上海合作组织成员国教育部关于为成立上海合作组织大学采取进一步一致行动的意向书》;
三、学校层面，2010年4月26日在莫斯科签订了《哈萨克斯坦共和国、中华人民共和国、吉尔吉斯共和国、俄罗斯联邦和塔吉克斯坦共和国高等学校关于成立上海合作组织大学的合作备忘录》。
2008年初，俄方提出组建上海合作组织大学的构想。构想的目标是组建一个成员国高校间的非实体合作网络，搭建合作平台，旨在加强成员国之间的教育合作与交流，促进成员国学生和人员流动。
上海合作组织大学进展情况
该构想经上海合作组织成员国教育专家工作组会议讨论，于2008年10月提交上海合作组织成员国五方教育部长会议审议通过。
2009年上半年，成员国五方协商一致，共同确定区域学、生态学、能源学、IT技术和纳米技术等五个专业为优先合作方向，并按照基本的要求和标准遴选出了本国的项目院校，其中哈萨克10所、吉尔吉斯7所、中国10所、俄罗斯16所、塔吉克10所，共计53所。
2010年9月23日，第三次上海合作组织成员国教育部长会议通过，上海合作组织大学项目院校增至62所，其中哈萨克13所、吉尔吉斯8所、中国15所、俄罗斯16所、塔吉克10所。
中方的15所项目院校为：纳米技术—北京大学、清华大学、华中科技大学;生态学—兰州大学、山东大学、东北师范大学;IT-技术—吉林大学、长春理工大学;区域学—北京外国语大学、首都师范大学、新疆大学、黑龙江大学;能源学—华北电力大学、中国石油大学(北京)、哈尔滨工业大学。
为加强与各方项目院校的合作与联系，中方确定了本方各合作方向的牵头项目院校，并将其项目负责人、联络人姓名及其联系方式通报了成员国各方。中方其他项目院校的项目负责人、联络人姓名及其联系方式也已同时通报成员国各方。
成员国五方项目院校将按照协商一致的教学大纲和培养计划，联合培养成员国各国所需的高水平专业人才，为上海合作组织各领域的合作提供人力资源保障。目前，成员国五方决定，准备充分的项目院校首先在2010- 2011年度在硕士阶段招生，并按照各专业协商的教学计划和大纲进行教学。学生在硕士阶段第三学期按照两校间签署的合作协议到合作伙伴院校交流学习，毕业后获本校学位证书，同时上海合作组织大学颁发学习证明(标明学时、学分、学习地点等基本信息)。
2008年12月9日，首都师范大学和莫斯科国立语言大学共同举办了“上海合作组织成员国语言类高校教育合作互动前瞻：上海合作组织大学方案框架下共同教育计划的制定与实施”国际研讨会，提出了 “上海合作组织成员国高校语言与跨文化交际”创新教育计划。
2009年5月26日，“上海合作组织成员国第二届‘教育无国界’教育周及首届大学校长论坛”在莫斯科大学举行，期间中外有关项目院校在莫斯科语言大学签署了“上海合作组织成员国人文大学联盟”协议及章程。
2009年11月17日，中国教育部和俄罗斯教育科学部在北京联合召开了“上海合作组织大学中俄双方项目院校工作会议”，研究并通过了上海合作组织大学组建和运行的组织原则、学分学历认证、法律法规、财务制度、协调机制，并一致同意在上海合作组织各成员国内建立项目院校校长理事会。
2010年4月26日，“上海合作组织成员国第三届‘教育无国界’教育周”在莫斯科举行，各成员国项目院校代表签署了“上海合作组织大学多边教育合作创新机构”备忘录和纪要，协商了双边合作协议草案，确定了硕士研究生的培养方案、教学计划和相关课程设置，一致同意于2010年下半年率先启动“区域学”专业硕士研究生的招生程序。
2010年7月20日，“上海合作组织大学‘区域学’中方项目院校第一次工作会议”在新疆大学召开，就制定联合培养方案等一系列重要的技术问题达成了共识。
2010年9月23日，“上海合作组织大学：从一体化到创新发展”国际会议在俄罗斯联邦新西伯利亚市举行，中国教育部袁贵仁部长率中方项目院校20人代表团赴会，各国教育部长共同签署了“部长会议纪要”和“关于进一步共同行动成立上海合作组织大学的纪要”，发表了部长会议联合公报。
2010年11月10日，“中俄人文合作委员会教育合作分委会第十次会议”在北京举行，中国教育部副部长郝平和俄罗斯教育科学副部长罗巴诺夫就创建上海合作组织大学等议题达成一致意见。
2010年11月30日，为加强上海合作组织大学中方项目院校建设，教育部国际合作与交流司成立了“上海合作组织大学中方内部协调机制”秘书处，并下发了《上海合作组织大学中方内部协调机制秘书处组成的通知》(教外司欧亚[2010]1524 号)，要求秘书处即着手开展工作，各项目院校积极予以配合。
2010年12月17日，“上海合作组织大学‘生态学’中方项目院校第一次工作会议”在兰州大学召开，就制定联合培养方案等一系列重要的技术问题达成了共识。
2011年3月2日，“上海合作组织成员国教育专家会议”在上海合作组织秘书处(北京)召开，对《上海合作组织成员国间关于创建上海合作组织大学的协定》、《上海合作组织大学章程》、《硕士研究生联合培养方案的协调办法》、《上海合作组织大学学历证书附件》等一系列重要文件进行了讨论，并形成草案，提交各成员国项目院校征询意见。
2011年3月12日，上海合作组织大学中方内部协调机制秘书处向教育部国际合作与交流司提交了《中方项目院校2011年工作计划》，积极开展上海合作组织大学中方项目院校的各项工作。