植物保护学院在原植物保护系的基础上，于2001年4月成立。其前身为创办于1940年的福建省立农学院农业生物系植物病虫害组，1942年正式成立植物病虫害系(植物保护系)。经过60多年的艰苦创业，现已发展成为3系(植物病理学系、昆虫学系、制药工程系)3所(植物病毒研究所、作物病虫生物防治研究所、生态应用研究所)1室(益虫及引进研究室)。
学院建有4个部省级重点实验室：教育部农药生物化学重点实验室、福建省植物病毒学重点实验室、福建省病毒工程与病原生物学重点实验室、福建省昆虫生态公共实验室;2个研究中心(福建植物病毒工程中心、食品生物安全研究中心)。学院主办《华东昆虫学报》、《武夷科学》学术刊物。
学院设有植物保护专业(本科)、制药工程专业(本科)。学院为植物保护一级学科博士、硕士学位授权点，设立7个研究生专业：植物病理学专业(硕士、博士)、农业昆虫与害虫防治专业(硕士、博士)、农药学专业(硕士、博士)、植物检疫(硕士、博士)、生物防治(硕士、博士)、生态安全(硕士、博士)和植保经济专业(硕士、博士)。植保学院是国家人事部设立的植物保护博士后科研流动站单位。
学院的植物病理学科是国家重点学科和农业部重点学科。昆虫学科与植物病理学科为福建省“211工程”重点建设学科。
植物保护学院学术氛围良好，师资队伍雄厚，科研成果叠出。拥有一支以中国科学院院士谢联辉教授为学术带头人的师资队伍。学院教师治学严谨、学术民主、团结协作。学院教授(研究员)19人、副教授(副研究员)12人，其中中国科学院院士1人、博士生导师13人、国家有突出贡献专家2人、国务院特殊津贴专家 12人、国家“百千万人才工程”一、二层次人选2人、福建省优秀专家6人、“全国百篇优秀博士论文”获得者1人、“闽江学者计划”特聘教授1人。
学院自建系以来，已为国家培养博士、硕士、本(专)科毕业生2600人。
学院在植物病毒、植物病理、生物农药、昆虫分类、生物防治、昆虫生态、有害生物综合治理等方面优势明显，科研综合实力突出。学院注重新兴学科的交叉与拓展，积极推进和促进相关的应用技术，如分子生物学高新技术、遗传工程技术、系统分析技术、环境评价和污染治理技术等，在取得良好的学术成果的同时产生了较高的社会效益和经济效益。
当前，国际上生物科学技术迅猛发展，国内面临农业结构的调整和市场经济的发展，机遇与挑战并存。植保学院正努力改善科研设施和教学设备，加强基础研究和应用研究，积极促进各学科的相互交叉和整合，拓展研究领域，形成多学科综合发展的新局面，学院以学科建设为中心，加快教育改革，探索新形式下的人才培养模式，加强学生综合应用知识和创新能力的培养，面向经济建设主战场，适应市场经济发展的需要，为21世纪我国高等农业教育和现代农业发展贡献力量!
学院电话：0591—83789365、83789246
电子信箱：zb365@fjau.edu.cn