交通学院是福建农林大学所属的二级学院，成立于2001年4月13日，其前身为成立于1958年的福建林学院森林工业系(简称森工系)，1996年10月森工系更名为交通工程系。经过46年的发展，全院现有教职工63人，其中博士生导师1人、硕士生导师11人;教授7人、副高职称 16人;有较高学位的教师7人(博士4人、硕士3人)，在读博士生2人，在读硕士生6人。已拥有森林工程专业硕士学位授予点(交通运输规划与管理、道路与运输工程、数字林业工程、工程索道、植物纤维工程材料、机电一体化技术等6个研究方向)，交通工程、交通运输、土木工程、森林工程等4个本科专业和房屋建筑工程1个高职专业，道路与桥梁工程自考专业及4个本专科函授专业，在校生本专科生1000多人，硕士研究生14人。学院下设交通工程系、交通运输系、土木工程系、森林工程系等4个系以及交通研究所、永福高新技术研究所、土木工程勘测设计院、汽车驾驶员培训部等科技开发机构。
现有一支学术梯队比较合理的师资队伍和良好办学条件，已形成多个具有自身特色和相对稳定的研究方向，多项科研成果达到国际先进水平，其中获省部级科技进步二等奖3项、三等奖13项，同时，学院积极进行科研成果的产业化，先后与多家上市公司、企业进行合作，取得了良好的社会、经济效益。近5年来共承担科研项目30多项，科研经费1139万元，发表学术论文300多篇，出版专著、教材20多部。学院充分利用学科专业优势和科技优势，组织师生参加开展 “畅通工程”建设，为我省20多个城市编制了道路交通管理规划和公共交通规划，主持完成京福高速公路3座特大桥的施工吊装索道设计，参与316国道、 205国道的施工监理工作，以及永林集团绿色餐具厂、武夷山自然保护区悬索吊桥设计等工作。