1.结构与布局
按照国家《授予博士、硕士学位和培养研究生的学科、专业目录》，我校现有学科涉及6个门类，20个一级学科。其中一级分别是：哲学、理论经济学、政治学、教育学、心理学、外国语言文学、数学、生物学、计算机科学与技术、生物医学工程、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、军队指挥学、军事后勤学与军事装备学、公共管理、图书馆情报与档案管理。一级学科包含若干二级学科，如基础医学（一级学科）下属人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学等二级学科；生物学（一级学科）下属细胞生物学、生理学、神经生物学、生物化学与分子生物学等二级学科；临床医学（一级学科）下属内科学、外科学、儿科学、眼科学等二级学科（普外、骨外等外科，心内、消化等内科分别为外科学、内科学二级学科的下属学科）；口腔医学（一级学科）下属口腔基础医学、口腔临床医学两个二级学科（口腔修复学、口腔内科学等学科，口腔病理学、口腔解剖生理学等学科分别为口腔临床医学、口腔基础医学二级学科的下属学科）。
按照军队内部和我校通常惯例分为军事医学、基础医学、临床医学、口腔医学等几大类。
2.学科情况
我校目前具有150多个科室。其中国家级重点学科4个，全军医学专科中心12个，全军医学研究所9个，全军医学重点实验室11个。有7个“211工程”重点学科建设项目，11个“长江学者奖励计划”特聘教授岗位学科，硕士学位二级授权学科52个，博士学位二级授权学科30个，博士后流动站6个，全军重点建设学科1个，全军重点建设实验室1个。此外，还有两个国家临床药理基地、1个全军临床药理基地，另设中国癌症基金会肿瘤研究所及国家“８６３”西安细胞工程中心。国家级重点学科数量、“长江学者”特聘设岗学科数量在全军院校中最多，全军医学研究所、医学专科中心数量、全军医学重点实验室数量在全军医科院校中最多。