复旦大学历史地理研究中心成立于1999年6月，中心主任由葛剑雄教授担任，副主任是为满志敏教授。研究中心下设四个专业委员会，其为：环境变迁专业委员会 邹逸麟教授;边疆史地专业委员会 周振鹤教授;历史人口专业委员会 葛剑雄教授 ;历史地理信息专业委员会满志敏教授。历史地理研究中心，现聘有研究人员24名。其中教授7名，副教授8名，讲师4名，16人具有博士学位。另有图书资料丰富的资料室及设备一流的电脑室。
历史地理研究中心主要职能是从事历史地理的基础研究、国家重点科研项目的研究及培养硕士、博士研究生。本学科建设的主要目标是建成国际一流水平的中国历史地理学科，使中国历史地理研究所成为国内第一，国际领先的历史地理研究机构，具备研究、信息、咨询、高级人才培养中心的功能。
历史地理研究中心实行主任负责制，主任由校长聘任，并与校长签订责任权利明确的合同书，对中心的建设目标和日常管理负责。与此同时，成立学术委员会，作为中心的决策、评估和谘询机构。第二届学术委员会仍由7人组成，本校有邹逸麟教授、葛剑雄教授，其余五人是北京大学历史系辛德勇教授、厦门大学历史研究所所长杨国桢教授、陕西师范大学西北环境与社会经济发展研究中心主任侯甬坚教授、北京大学历史地理中心主任唐晓峰教授、暨南大学历史地理研究中心主任郭声波教授。学术委员会每年召开会议，并保持经常性通讯联系。主任每月召开教授会议，讨论决定中心的日常工作。
历史地理研究中心继承了历史地理研究所的优良学术传统，崇尚严谨扎实的学风。为配合研究生的培养，到目前为止，中心开设了硕士专业基础课4门，专业课10门，选修课17门;博士基础专业课11门，选修课12门。在1983年培养出全国首批2名文科博士之后，截止至2005年，已培养研究生123名，其中博士57名，硕士66名。现在校研究生85名，其中博士生37名，硕士生48名。1996年设立博士后流动站，至今已有6名博士后工作人员出站工作，仍在站内工作者6名。同时，历史地理研究中心还承担了大量的科研工作。现已完成及正在承担的国家自然科学基金项目12项，国家社会科学基金项目8项，其他国家重点项目11项，国家教委、上海市及省部级科研项目32项。至2005年，中心的研究人员已出版专著140多部，2001年-2005年发表学术论文500多篇。编辑出版了《历史地理研究》2辑(复旦大学出版社)，《历史地理》集刊20辑(上海人民出版社)。
历史地理研究中心前身的中国历史地理研究所,自成立以来，总体学术水平长期处于国内第一的地位，其骨干均为各分支学科的学术带头人，尤其是在疆域政区、水道变迁、地名考证、历史地图的研究和编绘、历史地理古籍整理、历史气候和灾害等方面一直处于学科前沿。近年来在中国历史地理信息系统、历史人口地理、移民史、历史政治地理、历史文化地理、历史社会地理等人文地理分支学科又有了很大的发展。在 2001年-2005年的近五年期间，历史地理研究中心的研究人员出版专著30部，发表学术论文500多篇。到目前为止，历史地理研究中心已承担国家自然科学基金项目12项，国家社会科学基金项目8项，其他国家重点项目11项，国家教委、上海市及省部级科研项目32项。
到目前为止，中国历史地理研究中心是国内专业人员最齐备、设备条件最好、研究领域最广、成果最丰硕、培养人才最多的历史地理研究与教学机构。